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Immunology and Infection

에 알긴산 생산과 관련된 새로운 유전자의 식별 Published: March 10, 2014 doi: 10.3791/51346

Summary

여기서 우리는, 화면 고밀도 삽입 돌연변이 체 라이브러리를 생성하기위한 미니 himar1 마리너 트랜스포존-매개 돌연변이 유발을 사용하여 프로토콜을 설명 분리 및 프로토 타입 녹농균 스트레인 PAO1 참신한 알긴산 레귤레이터를 식별한다.

Abstract

녹농균은 다양한 대사 기능이있는 그람 음성, 환경 세균이다. P. 녹농균은 낭포 성 섬유증 (CF) 환자에서 만성 폐 감염을 확립 기회 세균성 병원체이다. 또한 mucoidy로 알려진 알긴산이라는 캡슐 다당류의 생산 과잉은 항생제 화학 요법과 호스트 방어에 플랑크톤 세포보다 더 많은 저항 점액 바이오 필름의 형성을 촉진한다. 또한, 점액 표현형 nonmucoid의 변환은 CF 만성 감염의 발병에 대한 임상 마커입니다. P.에 의해 알긴산 과잉 생산 녹농균은 크게 세포 에너지를 세금을 에너지 흡수성 과정이다. 따라서, 알긴산 생산은 매우 P.에서 규제 녹농균. 더 알긴산 규제를 이해하기 위해, 우리는 신규 알긴산 레귤레이터의 식별을위한 미니 himar1 트랜스포존 돌연변이 유발을 사용하여 프로토콜을 설명프로토 타입의 변형 PAO1에서의. 이 절차는 두 가지 기본 단계로 구성됩니다. 첫째, 우리는 호스트 E.에서 미니 himar1의 트랜스포존 (pFAC)을 전송 받는 사람 P.에 대장균 SM10/λpir 겐타 마이신으로 보충 슈도모나스 분리 아가 플레이트상에서 선택 하였다 고밀도 삽입 돌연변이 체 라이브러리를 생성하기 biparental 공액 통해 녹농균 PAO1. 둘째, 우리는 검사 및 겐타 마이신 카세트 및 DNA 염기 서열에서 바깥쪽으로 가리키는 DNA 프라이머를 사용하여 PCR 역을 통해 삽입 사이트를 매핑하는 점액 식민지입니다. 이 프로토콜을 사용하여, 우리는 (22 σ AlgT) 야생형 mucA 마스터 알긴산 레귤레이터에게도 누군가의 안티 - 시그마 인자 MucA을 인코딩 변형 PAO1 두 ​​소설 알긴산 조절기, MUCE (PA4033) 및 kinB (PA5484)를 확인했습니다 . 이것은 높은 처리량 돌연변이 유발 프로토콜은 깔깔 변화를 일으키는 다른 병원성 관련 유전자의 식별을 위해 수정 될 수있다뉴욕의 형태.

Introduction

알긴산 염을 과잉 생산하는 기회, 그람 음성 병원균 녹농균의 능력은 생물막을 확립하는 기능의 주요 요인이다. 알긴산의 과잉 생산은 종종 mucoidy 언급 표현형이다. 낭포 성 섬유증 (CF)로 고통받는 개인의 가래에서 점액 콜로니의 절연은 만성 감염 나타낸다 직접 환자의 건강 하나의 전체적인 감소와 연관된다. 현재는 것이 이해된다 P.있는 알긴산의 규제 및 생산 녹농균은 주로 두 오페론에서 발생한다. 에서 알긴산 고분자의 합성 및 수출에 대한 책임이 있습니다 (조류 - alg8 - alg44 - algK - ALGE - algG - algX - algL - algI - algJ - - algF algD) 첫 번째는 12 유전자를 포함하는 알긴산 생합성 오페론이다 세포 environme에 페리 플라 즘NT 2-5. 두 번째 오페론은 대체 시그마 인자에게도 누군가 / T로 시작 mucA, mucBMUCD 계속 유전자의 클러스터입니다. mucAB-D는 알긴산 생산 6-8의 부정적인 규제로 분류하는 동안 당신에게도 누군가 / T는, 긍정적 인 레귤레이터이다. 또한, 전사 등 ALGB, AlgQ, AlgR 및 RpoN 등의 규제뿐만 아니라, 전사 후 및 이화 억압 제어, 키나제 활성 (KinB) 및 intramembrane 단백질 분해에 의해 번역 후 변형은 또한 알긴산에 관여하는 것으로 밝혀졌다 규제 9-14.

pFAC로 알려진 미니 himar1의 트랜스포존 벡터는 원래 하버드 의과 대학 (15) 박사 Mekalanos '실험실에서 만들어졌습니다. pFAC 플라스미드는 두 개의 27 비트로의 반전 반복 중간에 겐타 마이신 저항 카세트 테이프 (aacC1 : 534 BP)에 의해 형벌 인자 (transposable element)로 구성되어, hyperact를 코딩하는 유전자선원 트랜스 포사 (16) 및 코딩하는 유전자 β-락타 마제 (BLA) (그림 1) 필자. DQ366300 13 : pFAC의 인자 (transposable element)의 시퀀스 정보는 GenBank 액 번호로 사용할 수 있습니다. pFAC에서, 역 PCR을 사용하여 염색체의 삽입 부위의 식별을 위해 사용된다 aacC1 유전자 뒤에 다중 클로닝 부위 (MCS)가있다. 미니 himar1의 트랜스포존을 사용하여 하나의 큰 장점은 특정 호스트 요인 트랜스 (돌연변이) 필요하지 않습니다이다. 또한, P.의 게놈에 걸쳐 발견 TA 디 뉴클레오티드 삽입 사이트의 높은 풍부가있다 녹농균. 각각의 게놈을, 예를 들어, TA 디 ​​뉴클레오티드 삽입 사이트는 PAO1에 94404과 100229 번 발생 (6264404 BPS, GenBank 액 번호 NC_002516.2) 및 PA14 (GenBank 등록 액세스 번호 NC_008463 6537648 BPS). 때문에 게놈, 미니 himar1에서 TA 디 뉴클레오티드의 풍요 himar1의 트랜스포존은 P.의 게놈 내에서 중요하지 않은 유전자에 삽입 할 수있는 녹농균. 이 PAO1 게놈의 오픈 리딩 프레임 당 약 18 TA 삽입 사이트를 제공합니다.

여기, 우리는 P.에 mucoidy의 새로운 규제를 식별하는 미니 himar1의 트랜스포존 매개 돌연변이 유발을 사용하여 프로토콜을 설명 녹농균. 보다 구체적으로, 우리 biparentally E.부터 미니 himar1 트랜스포존을 함유 pFAC 벡터를 접합 nonmucoid prototrophic 변형 PAO1에 대장균 SM10/λpir. 트랜스포존은 게놈에 통합 된 후, 수신자 균주는 슈도모나스 분리 한천 E.의 성장을 억제 (PIA) 덴타에 배양 대장균. 따라서,의 돌연변이 체 라이브러리 대 겐타 마이신 내성 및 실린 민감한 표현형을해야합니다 유의하십시오. 본 연구에서는 PAO1 약 80,000 삽입 돌연변이 체는 네 개의 별도의 활용형을 분리 하였다. 우리는 그 점액 분리에 대한 검사를하고, 제한 효소 소화, 결찰 및 역 PCR에 의한 삽입의 위치를​​ 결정. 우리는 게놈 당 삽입의 수를 볼 프로브로 겐타 마이신 저항 카세트를 사용하여 서던 블롯 분석을 수행 하였다. 우리는이 프로토콜을 사용하여 접합 당 얻은 돌연변이의 90 % 이상이 게놈에 himar1의 단 하나의 사본을 가지고 있었고, 겐타 마이신 내성 및 실린 민감한 표현형을 표시 것으로 판단. 32 점액 분리의 총이 확인되었으며, 그 중 22 P.의 다른 궤적에 매핑 된 녹농균 PAO1염색체. 삽입이 비율은 알긴산 과잉 생산의 몇 가지 새로운 규제를 식별하기 위해 적절한 범위를 제공합니다.

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Protocol

1. 균주의 제조 및 Biparental 활용

  1. E.에게 접종 37 ℃에서 하룻밤 진탕 배양기에서 겐타 마이신과 장소의 15 ㎍ / ㎖로 보충 루리아 국물 (LB) 5 ㎖의 대장균 SM10/λpir/pFAC
  2. P.에게 접종 녹농균 변형 LB 5 ㎖의 PAO1, 그리고 흔들리는 인큐베이터에있는 장소 하룻밤 42 ℃에서
  3. OD 하룻밤 문화 (600)를 측정하고 PAO1와 E 같은 양을 혼합 콜라이 pFAC은 최종 부피는 1-1.4 ML 사이 그러한된다.
  4. 5 분 6,000 XG에 원심 분리기의 혼합물.
  5. 한편, 활용을 위해 LB 플레이트를 건조 : 10 ~ 15 분 동안 37 ° C에서 인큐베이터에 열려있는 판을 둡니다.
  6. 세포 혼합물로부터 상층 액 50 μL를 제외한 나머지를 모두 제거합니다.
  7. 하나의 컴팩트 한 방울에 건조 LB 판에 뜨는 피펫의 나머지 50 μL의 세포 펠렛을 Resuspend.
  8. 조심스럽게 (IMPO 건조 흄 후드에서 플레이트를 배치RTANT 참고) 접시에 걸쳐 세포가이 크게 활용의 효율성을 감소 할 수 있도록하지 마십시오.
  9. 물방울이 건조되면, LB 플레이트를 거꾸로하고 4-6 시간 동안 37 ° C에서 알을 품다.
  10. 세포 혼합물을 배양하는 동안, 겐타 마이신 300 μg / ㎖로 큰 (150 OD × 15 ㎜) PIA 판을 준비합니다. 사용하기 전에 15 ~ 20 분 동안 37 ° C에서 인큐베이터에 배치하여 잔류 수분을 제거합니다.
  11. 세포 혼합액의 배양이 완료된 후, 멸균 접종 루프를 사용하여 세포를 수집하고 1 ㎖ LB와 소용돌이 또는 피펫을 함유하는 마이크로 원심 분리 튜브에서 충분히 섞고.
  12. 큰 PIA 플레이트가 300 ㎍ / ㎖의 겐타 마이신을 포함에 균등하게 세포를 확산. (중요은 : 등), 500 μL 10 μL, 플레이트 2 : 50 μL, 플레이트 3 : 100 μL, 플레이트 4이 단계의 경우, 예를 들어 플레이트 1 (플레이트를 분리하는 세포 혼합물의 증가 볼륨을 추가하는 것이 가장 좋습니다 .
  13. 37에서 하룻밤을 품다° C.

2. 감지 및 점액 식민지의 분리

  1. 인큐베이터에서 접시를 제거하고 점액 식민지에 대한 검사.
  2. 작은 판 PIA 겐타 마이신 300 μg / ㎖로 (100 OD × 10 ㎜)에 격리에 대해 하나의 점액 식민지 행진을 분리합니다.
  3. 37 ℃에서 하룻밤 배양한다
  4. 이전 하룻밤 문화에 2.2 단계를 반복합니다.
  5. 반복 점액 분리의 안정성을 결정하기 위해 2.2-2.4 두 번 더 반복합니다.
  6. 최종 분리 단계 후, 하나의 점액 식민지와 LB의 4.5 ㎖를 접종하고 37 ℃에서 하룻밤 진탕 배양
  7. 다음날, 각 점액 돌연변이 레이블 3 마이크로 원심 튜브.
  8. 게놈 DNA의 추출 및 트랜스포존 삽입 부위의 식별을위한 2 관 (프로토콜 3 참조)에 하룻밤 문화의 두 1.25 ㎖를 분취를 준비합니다.
  9. 또한, appropriat에 1 ㎖ 하룻밤 문화를 피펫으로 각 점액 돌연변이를 보관10 % 탈지 우유를 동일 부피를 함유 엘리-표지 cryovial. -86 ° C.에 저장

3. gDNA를 제한 소화 및 결찰

  1. 어떤 선호하는 방법 (예를 들면. 페놀 - 클로로포름, 스핀 열 등)를 사용하여 점액 돌연변이 체에서 gDNA를 압축을 풉니 다.
  2. gDNA를의 농도를 결정, 제한 효소 SalI으로 2 μg 1 μL의 전체를 소화, 소 혈청 알부민, SalI로 효소 완충액 (100 mM의 염화나트륨, 50 mM 트리스 - 염산, 10 mM의 MgCl2를 5 μL의 0.5 μL , 1 mM의 Dithiothrietol (DTT), 실온에서 pH를 7.9) 및 50 μL의 총 부피를 달성하기 dH보다 2 O의 적절한 볼륨.
  3. 37 ℃에서 하룻밤 DNA 다이제스트 (중요 :. 제한 효소의 효율에 따라서는 하룻밤 다이제스트에 추가 1 μl를 추가하고 1 ~ 2 시간 동안 37 ° C에서 배양 할 필요가있다이 밤새 다이제스트에 추가됩니다.)
  4. DIGE 정화어떤 선호하는 방법 (예를 들어, 아가 로스 젤 정화, 스핀 열) 및 버퍼의 25 μL로 용출을 사용 STED DNA.
  5. ~ 10-20 NG / μL의 바람직한 농도, 라이 게이션 완충액 1.5 μL (330 mM 트리스 - 아세테이트 pH를 7.5, 660 mM의 아세트산 칼륨, 100 mM의 아세트산 마그네슘, 5 mm의 정제 된 DNA의 11 μL를 혼합하여 소화 DNA를 결찰 DTT), 100 mM의 ATP의 1.5 μL, 1 μL의 DNA 리가 아제.
  6. 실온에서 15 분 동안 혼합물을 부화 한 후 70 ℃에서 15 분 동안 배양하여 효소를 실활 (주 : 이상 동안 실온에서 혼합물을 배양하는 결찰의 성공을 증가시킬 수있다).

4. 역 PCR (iPCR을) 및 시퀀스 분석

  1. 앞으로 다음과 역방향 프라이머와 조건을 열 순환을 이용하여 결찰 제품에 iPCR을을 수행합니다 :
    - 포워드 프라이머 (Gm3OUT) : GGGCATACGGGAAGAAGTGA
    - 역방향 프라이머 (Gm5OUT) : GACTGCCCTGCTGCGTAACA
    열 순환기 콘돌리자tions :
    1. 1 분 동안 94 ° C에서.
    2. 1 분 동안 94 ° C에서.
    3. 2 분 동안 58 ° C에서.
    4. 2 분 72 ° C에서.
    5. 8 분 72 ° C에서.
    6. 10 ° C에서 개최.
    반복 34 회 2-4 단계를 반복합니다.
    (참고 : 증폭 된 iPCR 제품은 4 ℃에서 저장 될 수 있습니다)
  2. 성공하는 iPCR 증폭을 확인하는 아가로 오스 겔 전기 영동을 수행합니다.
  3. Gm3OUT 및 Gm5OUT 프라이머를 사용하는 iPCR 제품에 대한 시퀀싱을 수행합니다. 삽입 부위와 himar1의 방향이 밖으로 매핑됩니다.

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Representative Results

도 1에 도시 된 바와 같이, 미니 himar1 마리너 트랜스포존 벡터 pFAC는 TA 삽입 위치가 σ 70-의존성 프로모터 및 다중 클로닝 부위 (MCS)와 aacC1의 겐타 마이신 내성 카세트를 플 랭킹 두 27 bp의 반전이 반복을 포함한다. 또한, pFAC 벡터는 높은 활성 himar1의 트랜스 포사, β-락타 마제 (BLA)육 차원 속의 전송 오페론을 코딩하는 유전자를 포함하고 있습니다. TA 삽입 사이트는 P.의 게놈에 효율적으로 통합 할 수 녹농균의 변종. 식별 및 점액 돌연변이를 선택하는 정확도는 알긴산 규제와 관련된 유전자의 궤적을 결정하는 전반적인 성공에 중요합니다. 뮤코 이드 및 nonmucoid 균주의 예는도 1에 나타낸다.

더 정확하게 점액 돌연변이를 확인하려면, 완성 된 활용형 여러 개의 대형 접시 (150mm)에 도금해야한다. CELL 혼합물은 멸균 PBS에 재현 탁하고 PIA 플레이트 플러스 겐타 마이신 (300 ㎍ / ㎖)에 분산시켜 도금해야한다. PBS에 세포 혼합물을 희석 / 판 1,000-3,000 식민지 사이에있는의 목표로 플레이트에 확산 될 것입니다. 상기 프로토콜에 기초하여, 각 접합은 15-20 큰 판 위에 ~ 20000 돌연변이의 뱅크를 생성한다. 37 ° C에서 접시를위한 최적의 배양 시간은 24 ~ 36 시간 사이입니다. 때문에 알긴산의 과잉 생산에, 점액 식민지는 분명 또는 색상에 흰색하고 크림이나 끈적 끈적한 모습이 있어야합니다. 점액 콜로니가 식별 될 수없는 경우에, 실온에서 추가로 24 ~ 36 시간 동안 배양한다. 점액 돌연변이가 가장 겐타 마이신 일반 PIA의 접시에 세 번 전달하여 격리됩니다. 이 시간 동안, 당신은 점액 표현형의 안정성을 확인할 수 있습니다. 정제 된 점액 콜로니하는 iPCR 의하여 게놈 DNA를 추출하고 유전자의 식별을 위해 사용될 것이다. 하는 iPCR 제품은 아가 로스 젤 엘을 사용하여 시각하실 수 있습니다ectrophoresis (그림 2). 성공하면 적절한 크기에 하나의 증폭이 있어야합니다. 제한 소화 및 결찰을 시행하고있다 PAO1 게놈 DNA는 음성 대조군으로 사용할 수 있습니다. 그림 2에 나타낸 바와 같이, PAO1의 iPCR을 증폭 물의 부재 그러나 우리는 각각 하나 ~ 1,400 bp의의의 증폭과 PAO1-VE2 및 PAO1-VE13에서 ~ 1,000 BP를 감지있다. 이러한 증폭 산물의 크기는 PAO1-VE2에서 내부적으로 PAO1-VE13에서 PA5484 (kinB)에 PA4033 (MUCE)의 프로모터 영역에 himar1 선원의 트랜스포존의 삽입에 해당합니다. iPCR을 증폭 산물의 염기 서열은 GM5OUT 프라이머로 수행되어야한다. 표적 서열을 분석하는 기본 지역 정렬 검색 도구 (BLAST)를 사용하는 경우, pFAC 및 TA 디 뉴클레오티드의 5 '말단의 반전 반복 P.의 게놈에서 himar1 삽입의 위치와 방향을 표시 녹농균 (그림 2 G>).

그림 1
그림 1. 미니 himar1 마리너 트랜스포존 벡터, pFAC 및 점액 돌연변이의 표현의 개략도. 플라스미드 pFAC는 선택을위한 2 개의 반전 반복과 himar1 마리너 트랜스포존 요소 및 겐타 마이신 저항 카세트 테이프 (aacC1)를 포함, 활동적인 himar1의 트랜스 포사를 코딩하는 유전자 및 조건부 플리. 미니 himar1 마리너 트랜스포존은 P. 고밀도 삽입을 일으킬 수 때문에 기판 (TA 디 뉴클레오티드)의 풍부한 녹농균.P.의 게놈에있는 TA 디 뉴클레오티드의 수 녹농균이라는 박테리아의 변종, PAO1 및 PA14은 빨간색으로 표시됩니다. 빨간색 화살표는이 절차를 사용하여 식별 점액 돌연변이를 나타냅니다.om/files/ftp_upload/51346/51346fig1highres.jpg "대상 ="_blank ">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.

그림 2
그림 2. PAO1 (음성 대조군), PAO1-VE2 (1396 BP), 및 PAO1-VE13 (999 :. 앞으로 Gm3OUT 및 역 Gm5OUT 프라이머와 1 KB 사다리를 사용하는 iPCR 증폭 대표하는 iPCR 및 시퀀싱 결과 A) 1 % 아가로 오스 겔 전기 영동 혈압). P. 세 균주로부터 게놈 DNA 녹농균 추출 및자가 결찰 뒤에 SalI으로 제한 효소로 분해시켰다. 텍스트. B)에서 설명한 바와 같이 닫힌 원형 DNA는 iPCR을위한 주형으로 사용 하였다 PAO1 참조 게놈을 비교하여 서열 분석 himar1 메린의 정확한 위치를 결정PAO1-VE2 및 PAO1-VE13에서 어 트랜스포존 삽입. 빨간색으로 표시된 순서는 pFAC 반전 반복의 5 '말단을 나타냅니다. TA의 삽입 위치는 강조했다. 이 두 시퀀스의 BLAST 검색 PAO1의 게놈 내에서 himar1의 트랜스포존의 정확한 위치와 방향을 매핑합니다.

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Discussion

또한이 방법은 이러한 변경과 다른 슈도모나스 종에서 사용할 수 있음을주의하는 것이 중요하다 : P.보기 부화 의 fluorescens와 P. 30 ° C에서 푸티하고, P. 42 ° C에서 stutzeri, P. stuzeri은 겐타 마이신 150 ㎍ / mL의 보충 LB 플레이트에서 배양되어야한다 단계 1.11, P.에 stutzeri 세포는 LB 500 ㎕를 대신 1 ㎖로 전송해야한다. 또한이 프로토콜에 대한 두 가지 중요한 단계가 있습니다. 첫째,받는 사람의 부담은 적절한 온도에서 배양해야한다. 예를 들어, PAO1 재조합 (15)의 주파수를 증가시키기 위해 42 ° C에서 배양해야한다. 수신자 부담이 올바른 온도에서 배양하지 않을 경우 경우 돌연변이 체 라이브러리의 효율이 크게 감소 하였다. 둘째, iPCR을 높게 재현성이지만, gDNA를 완전히 원형 공유 클로즈 DNA가 DNA 라이 게이션을 통해 이루어질 수 있다는 것을 보장하기 위해 분해되어야한다. 나는이것이 제대로 수행 f를하​​는 iPCR 제품은 아가로 오스 겔에 하나의 밴드로 나타납니다. 다중 대역이 확인되면, 그들은 여러 삽입이 돌연변이에 있다는 것을 나타냅니다. 우리는 iPCR을 결과가 강력하게 우리의 남부 오점 결과 (~ 100 %)과 상관 것으로 나타났다. 따라서, iPCR을 돌연변이 당 삽입의 수에 대한 서던 블롯 분석 대신에 사용될 수있다.

pFAC있는 미니 himar1 마리너 트랜스포존 제공된 전사 터미네이터가 없으며, 그것은 겐타 마이신 카세트의 발현을 구동 σ 70 의존성 프로모터를 통해 조절된다. 우리는 himar1 삽입의 위치 및 방위가 특정 유전자의 조절에 영향을 변화했다고 관찰했다. 유전자의 중간에 통합 될 때 유전자는 불 활성화 하였다. 이것의 예는 변환 PAO1 (PAO1-VE13) 11 mucoidy 원인 감각 키나제 유전자 kinB (PA5484)의 불 활성화이다. 또한, U는 또한 수유전자의 발현을 P-조절 유전자와 동일한 방향으로 상류 코딩 영역의 삽입 한 경우. 이러한 예로는 himar1 MUCE (PA4033) (13)의 발현을 구동 PAO1-VE2이다. 이 프로토콜의 제한은 성장에 불필요한 만 조절 유전자가 발견 될 수 있다는 것이다. 또한,이 방법을 사용하여 확인 된 점액 돌연변이는 자연적으로 발생하지 않을 수 있습니다.

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Disclosures

저자 훙 웨이 D. 유 최고 과학 책임자 Progenesis 기술의 공동 설립자, LLC입니다.

Acknowledgments

이 작품은 바이오 메디컬 연구 우수 웨스트 버지니아 아이디어 네트워크에 미국 항공 우주국 웨스트 버지니아 공간 부여 컨소시엄 (NASA WVSGC), 낭포 성 섬유증 재단 (CFF-YU11G0)와 NIH P20RR016477 및 P20GM103434에 의해 지원되었다. 우리는이 작업과 기술 지원을 Vonya M. Eisinger 감사합니다.

Materials

Name Company Catalog Number Comments
Luria Broth Difco 240230 via Fisher Scientific
Pseudomonas isolation agar Difco 292710 via Fisher Scientific
Small Plates (100 O.D. x 10 mm) Fisher Scientific 08-757-13
Large Plates (150 O.D. x 15 mm) Fisher Scientific 08-757-14
Glycerol Fisher Scientific BP229-4
Benchtop Shaking Incubator New Brunswick Scientific Innova 4080 shake at 200 rpm
Cabinet Incubator VWR 1540
Benchtop Microcentrifuge Sorvall 75-003-287 via Fisher Scientific
SmartSpec Plus Spectrophotometer Bio-Rad 170-2525 or preferred method/vendor
Diposable Inoculation Loops Fisher Scientific 22-363-597
1.5 ml Microcentrifuge Tubes Fisher Scientific 05-408-129
2.0 ml Cryogenic Vials Corning 430659 via Fisher Scientific
15 ml Tubes Fisher Scientific 05-539-12
Skim Milk Difco DF0032-17-3 via Fisher Scientific
DNeasy Blood and Tissue (250)  Qiagen 69506 or preferred method/vendor
QIAquick PCR Purification Kit (250) Qiagen 28106 or preferred method/vendor
QIAprep Spin Miniprep Kit (250)  Qiagen 27106 or preferred method/vendor
FastLink II DNA Ligation Kit Epicentre Technologies LK6201H via Fisher Scientific
Accu block Digital Dry Bath  Labnet NC0205808 via Fisher Scientific
Sal1, restriction endonuclease New England BioLabs R0138L
EasyStart Micro 50 Molecular BioProducts 6020 via Fisher Scientific
Taq DNA Polymerase New England BioLabs M0267L
iCycler, Thermocycler Bio-Rad 170-8740
LE agarose Genemate 3120-500 via Fisher Scientific
Gentamycin Sulfate Fisher Scientific BP918-1
2.0 ml Cryogenic Vials Corning 430659 via Fisher Scientific

DOWNLOAD MATERIALS LIST

References

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면역학 제 85, 알긴산 mucoidy 돌연변이 유발 미니 pFAC
에 알긴산 생산과 관련된 새로운 유전자의 식별<em&gt; 녹농균</em&gt; 사용 미니<em&gt; himar1</em&gt; 마리너 트랜스포존 매개 돌연변이 유발
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Withers, T. R., Yin, Y., Yu, H. D.More

Withers, T. R., Yin, Y., Yu, H. D. Identification of Novel Genes Associated with Alginate Production in Pseudomonas aeruginosa Using Mini-himar1 Mariner Transposon-mediated Mutagenesis. J. Vis. Exp. (85), e51346, doi:10.3791/51346 (2014).

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