Summary
血管纹对于内耳蜗电位的产生至关重要。在这里，我们介绍了成年小鼠血管纹的解剖以进行单核测序或免疫染色。
Abstract
由血管纹产生的内耳蜗电位对于维持有利于适当的毛细胞机械转导和最终听力的环境至关重要。血管纹的病变可导致听力下降。解剖成体血管纹可以集中捕获单核，随后进行单核测序和免疫染色。这些技术用于在单细胞水平上研究血管纹的病理生理学。
单核测序可用于血管纹的转录分析。同时，免疫染色在识别特定细胞群方面仍然有用。这两种方法都需要适当的血管纹夹层作为先决条件，这可能被证明在技术上具有挑战性。
Introduction
耳蜗由三个充满液体的腔室组成，即前庭鳞片、中鳞片和鼓鳞片。前庭鳞片和鼓鳞片均含有外淋巴液，其具有高浓度的钠（138 mM）和低浓度的钾（6.8 mM）1。Scala介质含有内淋巴液，其具有高浓度的钾（154mM）和低浓度的钠（0.91mM）1,2,3。这种离子浓度的差异可以称为耳蜗内电位（EP），主要是由钾离子沿着耳蜗侧壁通过血管纹（SV）中的各种离子通道和间隙连接产生的4,5,6,7,8,9,10,11 .SV是一种异质的，高度血管化的组织，排列在耳蜗侧壁的内侧，包含三种主要细胞类型：边缘细胞，中间细胞和基底细胞12（图1）。
边缘细胞通过紧密连接连接，形成SV的最内侧表面。顶膜面向斯卡拉介质的内淋巴，并通过各种通道（包括KCNE1 / KCNQ1，SLC12A2和Na + - K + - ATP酶（NKA）5,10,13,14）促进钾离子转运到内淋巴中。中间细胞是位于边缘细胞和基底细胞之间的色素细胞，并使用KCNJ10（Kir 4.1）15,16促进钾通过SV运输。基底细胞靠近耳蜗侧壁，与螺旋韧带的纤维细胞密切相关，以促进外淋巴12的钾循环。SV的病理学与许多耳科疾病有关17,18。在主要SV细胞类型（如Kcnq1，Kcne1，Kcnj10和Cldn11）中表达的基因突变可导致耳聋和SV功能障碍，包括EP19,20,21,22,23的丢失。除了三种主要细胞类型外，SV中还有其他研究较少的细胞类型，例如梭形细胞22，根细胞12,24，巨噬细胞25，周细胞26和内皮细胞27，其作用不完全确定，涉及离子稳态和EP 28的产生。
与批量RNA测序相比，单核RNA测序（sNuc-Seq）提供有关细胞异质性的信息，而不是一组细胞29的mRNA平均值，并且在研究异质SV30时特别有用。例如，sNuc-Seq已经产生了转录分析，表明纺锤体和根细胞可能在EP生成，听力损失和梅尼埃病中发挥作用18。各种SV细胞类型的进一步转录表征可以为我们提供有关SV相关听力波动和听力损失的不同机制和亚型病理生理学的宝贵信息。这些精细的内耳结构的收获对于最佳组织分析至关重要。
在本研究中，描述了从成年小鼠耳蜗中获取和分离血管纹以进行sNuc-Seq或免疫染色的显微解剖方法。需要解剖成年小鼠SV以了解各种SV细胞类型并进一步表征它们在听力中的作用。
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Protocol
所有动物实验和程序均按照美国国立神经系统疾病和中风研究所动物护理和使用委员会以及国立卫生研究院国家耳聋和其他沟通障碍研究所批准的协议进行。所有实验方案均由美国国立神经系统疾病和中风研究所动物护理和使用委员会以及美国国立卫生研究院国家耳聋和其他沟通障碍研究所批准。所有方法均按照美国国立神经系统疾病和中风研究所动物护理和使用委员会以及国立卫生研究院国家耳聋和其他沟通障碍研究所的相关指南和规定进行。
1. 动物安乐死
- 使用C57BL / 6J或 Kcnj10-ZsGreen转基因小鼠，出生后第30 +天（P30 +），重量在15-20g之间。
- 使用批准的方案对成年小鼠（P30 岁或以上）实施安乐死（此处为 CO2 窒息）。执行斩首作为次要步骤。
注意：如果进行免疫染色，由于与SV毛细血管中的血液非特异性结合，某些抗体可能具有背景信号。用固定剂进行心脏灌注可以通过从SV毛细血管中去除血液来解决这个问题。但是，大多数抗体可以在没有这种方法的情况下获得良好的结果，并且不会在本协议中涵盖。
2. 露出骨迷宫
- 通过喷洒70%乙醇并用纸巾擦拭来清洁鼠标。特别注意头部区域以降低污染风险。通过将皮肤拉向鼻子来去除颅骨上的皮肤。
- 使用锋利的剪刀，沿中矢状面分开颅骨，以分隔左右部分。
- 从头骨中取出大脑以露出骨迷宫。
3. 内耳摘除
- 识别颞骨内的内耳（图2A）并使用#55镊子刮掉颅神经。
注意：用户应使用第二组#55镊子用非惯用手稳定标本。如果避开标本的关键区域（例如，不要压碎耳蜗），则可以在整个解剖过程中用稳定钳抓住标本的不同区域。 - 使用#55镊子，解剖大疱和胶囊，将它们与周围的骨骼分离。从内耳表面去除任何残留的软组织。
- 将标本转移到含有1x冷PBS（磷酸盐缓冲盐水），pH 7.4的透明组织培养皿中，并置于解剖范围内（图2B）。
4. SV解剖
注意：通过练习，可以将SV解剖为一个类似于丝带的长片。SV是脆弱的，所以如果它碎成碎片，这些可能会一起储存。或者，这些可以根据轮次（例如，基底，中间，顶端）储存在单独标记的孔中。
- 如果解剖镜光源可以移动，请将一盏灯放在碟子上方，将第二个光源从侧面平行于解剖表面。这样可以使耳蜗骨下的组织具有更好的对比度。
- 使用#55镊子，用前庭部分握住标本，耳蜗朝上。
- 使用#55镊子，刺穿顶端的耳蜗骨。
注意：#5 镊子比 #55 厚，可用于骨折，但尺寸/强度的增加会牺牲镊子的细度和操作小组织的能力。考虑使用由inox或dumostar等材料制成的镊子，以避免更脆弱的镊子可能造成的损坏。避免将镊子推到骨头下方太深，以免损坏SV。 - 使用#55镊子，沿着顶端转动刮擦（图2C），施加温和的力量以折断外骨层的小块。轻轻提起骨头并将其从侧壁上分离。
注意：将这种解剖视为“从SV中取出所有东西”而不是“从耳蜗中解剖SV”可能会有所帮助。 - 继续使用#55镊子从顶端和中间转弯中取出耳蜗骨片（图2D，E）。轻轻向下推侧壁，朝中转撬并取出骨壁碎片，露出顶端和中转的侧壁。
- 继续使用#55镊子，轻轻地将顶端转弯侧壁推到一边，露出螺旋神经节。沿外毛细胞层从螺旋神经节分离顶端和中转的侧壁。从耳蜗内取出螺旋神经节碎片。
注意：#55 镊子更小，在操作小而精致的组织时具有优势。应格外小心，避免弯曲或损坏它们。 - 为了更好地进入基底转弯的侧壁，请使用#55镊子将耳蜗与颞骨的前庭部分分离。将#55镊子放入圆形和椭圆形窗口，然后向下推至前厅。耳蜗会脱离。切除内耳的前庭部分。
- 继续使用#55镊子，现在从中间转弯区域开始去除基底耳蜗骨碎片。轻轻推动骨头下方的侧壁层将其分离。
- 通过撬动并轻轻拉动组织来去除侧壁最远的基底部分。该区域的骨头可能太厚，无法在不损坏下面的软组织的情况下去除。
- 现在，随着侧壁的基部分离，尽可能多地将侧壁与耳蜗分开。这可以通过沿侧壁追踪#55镊子来完成。轻轻刷骨头和剩余侧壁之间的镊子。如果用户经验丰富，这可以一直到顶点。将侧壁移至新鲜的PBS。
注意：虽然较大的SV碎片可能更容易成像，但鉴于组织的微妙性质，可以拍摄较小的碎片（图2F，G），并且根据大小，也可以用于成像。 - 使用#55镊子将侧壁平放。SV 应以侧壁内侧较暗的组织层的形式可见。
注意：用户可能会发现，特别是在靠近顶端的地方，一些SV组织在整个解剖过程中偶然从侧壁上脱落。 - 轻轻撬开SV层，使其从基底端的侧壁上分离（图2H）。轻轻推开分离的SV，并将镊子进一步移向侧壁的顶端，如果可能的话，将SV分离为一条长带（图2I）。不要用镊子挤压SV来拉动它。如果组织太脆弱而无法抓住，也可以使用组织勺收集，例如霰粒肿刮匙。
注意：移动SV应始终在光学显微镜下进行，以确保它不会丢失。使用镊子抓握时要小心，因为有损坏的风险。用户可能会发现使用霰粒肿刮匙可降低SV组织受损的风险。对于单核测序，请继续执行第 5 部分。对于 SV 免疫染色，请继续执行第 7 部分。
5. SV单核悬浮液
注意：本协议适用于SV组织，特别是来自已发布的制造商的单核悬浮方案。可以使用来自不同制造商的平台31.鉴于特定于平台的变化，建议查看设备随附的制造商特定协议。为了达到sNuc-Seq的最佳结果并最大限度地减少RNA降解，组织解剖越快越好（建议在安乐死后15-20分钟内）。一次对一只动物实施安乐死可能会有所帮助，并且仅在准备解剖时才实施安乐死。让多人同时进行解剖也可以消除降解时间（例如，一个实验室人员在左耳工作，而另一个实验室人员在右耳工作）。
- 如果SV组织将用于sNuc-Seq，请将组织置于冷却的裂解缓冲液中（10 mM Tris-HCl，10 mM NaCl，3 mM MgCl 2,0.005%无核酸酶无核酸酶水溶液）。
注意：如果要在解剖后立即进行测序，请继续执行协议。如果需要暂停实验方案，可以通过将SV放入RNAlater中来保存SV。在4°C下储存过夜，然后在液氮中快速冷冻并在-80°C下储存直至准备使用。准备使用时，在PBS中解冻并洗涤两次，每次5分钟，然后进行均质化（步骤5.2）。 - 在 2 mL 弹跳均质器中匀浆组织，在冰上冲程 10-20 次。
注意：玻璃圆筒将手动接触玻璃管的底部，使SV碎片化。SV很精致，因此20冲程通常可以成功实现均质化。 - 在冰上裂解组织25分钟。
注意：裂解时间因组织类型而异。在SV组织中裂解25分钟可能会达到低细胞活力（小于4%），但如果细胞活力过高，则可以调整时间（步骤5.8）。 - 通过30μm过滤器过滤，并在4°C下以500× g 旋转滤液5分钟。
- 除去上清液并将细胞沉淀重悬于 1 mL 细胞核洗涤液和重悬缓冲液（1x PBS、1% 牛血清白蛋白 [BSA]、0.2U/μL RNase 抑制剂）中。
- 通过10μm过滤器过滤细胞，并在4°C下以500× g 离心5分钟。
- 取出上清液并重悬于 50 μL 细胞核洗涤液和重悬缓冲液中。
- 使用细胞计数器和台盼蓝染色计数细胞核。将 5 μL 细胞悬液稀释到 50 μL 1x PBS 中以进行细胞计数;此时的生存能力应该是最小的（3%-4%）。如果发现活力更高，请调整步骤5.3（裂解）的方案并标准化裂解时间以确保细胞充分裂解。
注意：单细胞核制备中的高细胞活力意味着完整细胞比预期的要多，并且可能需要额外的消化。 - 将具有所需核密度的样品加载到制造商的设备/芯片上（参见制造商指南）。单核捕获现已准备就绪。
注意：从一只成年小鼠SV中，通常达到50μL浓度为150,000个细胞核/ mL的悬浮液。
6. SV单核测序
- 将样品送到核心设施进行测序。
注意：协议的这一部分遵循以下一般步骤：（1）凝胶珠内乳液（GEM）生成和条形码，（2）GEM-RT后净化和cDNA扩增，以及（3）3'基因表达文库构建。sNuc-Seq协议的其余部分相对较长，建议读者使用其制造商特定的协议。制造商指南可能会描述带有特定详细信息和随附图像的步骤。制造商网站上也可能有“操作方法”视频。生成的数据集可以以降维方式表示，例如均匀流形近似和投影（UMAP; 图3）。许多实验室使用测序核心，可以为用户执行此协议。
7. SV免疫染色和组织安装
- 如果组织将用于免疫染色，请将其转移到 24 孔板中，浸没在 1x PBS 中的 200 μL 4% 多聚甲醛 （PFA） 中，并在室温下孵育 20 分钟。
注意：在显微镜下进行所有液体去除、洗涤和免疫染色是有帮助的。移液组织时的可视化将确保在去除液体过程中不会意外丢失。只要体积足够大以将SV组织浸没在溶液中，就可以调整抗体和洗涤液的体积。 - 固定步骤后，通过在4°C的1x PBS（约500μL）中进行两次短洗涤，每次在低（30-50）RPM的轨道振荡器上5分钟来除去PFA。如果储存，组织可以储存在4°C的1x PBS中。
- 取出PBS，在室温下在约300μLPBS-T溶液中透化并封闭至少1小时（0.05吐温20在1x PBS中，含10%胎牛血清）。
注意：一抗和二抗应稀释在此封闭溶液中。 - 根据所用特定抗体的规格用一抗染色组织，通常在4°C下过夜。去除剩余的PBS并加入稀释的一抗。
注意：稀释液应根据制造商的建议、公布的数据、以前的经验等进行选择。通常，要测试的第一个浓度是1：100-200稀释度。对于本文中介绍的示例，GS-IB4和DAPI抗体均以1：200稀释。如果对一种以上的蛋白质进行染色，可以将多种一抗组合到同一溶液中，只要每种一抗具有不同的宿主，以避免二抗的交叉反应。 - 使用大约 500 μL 的 1x PBS 两次在低 RPM 的轨道振荡器上洗涤组织上的一抗，每次 10 分钟。
注意：继续确保SV组织浸没在溶液中，而不是卡在孔的侧面。 - 根据所用特定抗体的规格用二抗染色，通常在室温下在低RPM的轨道振荡器上染色2小时。盖上 24 孔板，使荧光标记的二抗免受光照。
注意：如果需要多个二抗，请将二抗组合到同一溶液中。确保避免交叉标记。 - 使用大约 500 μL 的 1x PBS 在低 RPM 的轨道振荡器上洗涤组织上的二抗四次，每次 5 分钟。保持 24 孔板盖住以防止光线照射。
- 准备较大的载玻片（75 mm x 25 mm），沿25 mm轴放置两条小胶条，仅比18 mm x 18 mm较小的玻璃盖玻片小。将一滴封片剂（约 50 μL）放在胶条之间。
注意：胶水会产生少量的垂直空间，以便当第二个盖玻片放在顶部时，SV组织样本可以安全地存在，但继续保持在原位。虽然条纹厚度为30-40微米，但应避免挤压玻璃表面之间的组织以保持形态。或者，也可以使用透明胶带。 - 使用#55镊子，尽可能少地抓住SV的一端的组织，并从PBS转移到较大的显微镜（75 mm x 25 mm）上的安装试剂滴上。将较小的玻璃盖玻片（18 mm x 18 mm）的一端放在放置一条胶水的载玻片上，轻轻释放以避免产生气泡。盖玻片将落到另一条胶水条纹上，并覆盖SV组织。
- 通过在支架的每个角上涂抹一滴透明的指甲油来密封支架。在远离可视化区域的玻璃盖玻片上相应地标记标本。它现在可用于共聚焦显微镜（图4）。
- 使用解剖显微镜观察SV组织，以确保其平放且不靠近任何气泡。如果SV组织的方向不正确，用户可以尝试推出气泡或小心地取出较小的玻璃盖玻片并重新定位SV。这必须轻轻地完成，以避免打破玻璃盖玻片。
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Representative Results
我们提出了一种分离用于sNuc-Seq或免疫染色的SV的方法。耳蜗相对于SV的相关解剖结构（图1）可以帮助用户更好地了解SV的组织和解剖方案的步骤。
相关视频详细介绍了从P30鼠标显微解剖SV的每个步骤， 图2显示了这种解剖和分离SV的关键步骤的快照。
sNuc-Seq可用于研究异质SV中各种细胞的转录谱。一种可视化方法是在 2D UMAP 上进行聚类（图 3）。从sNuc-Seq生成的数据集可以使用不同的数据分析技术进行评估，在讨论中进一步概述。
带有GS-IB4和DAPI免疫标记的SV整体安装以及 Kcnj10-ZsGreen荧光如图 4所示。使用荧光，在去除周围组织并安装后，可以可视化SV。在这些小鼠中，ZsGreen在SV中间细胞中特别表达。SV的脉管系统可以用红色显示（内皮细胞，GS-IB4）。
图1：血管纹细胞异质性和组织示意图。 血管纹是细胞异质性和组织性。血管纹（SV）及其与耳蜗结构的关系示意图。SV由三层细胞组成，负责在含内淋巴的Scala介质中产生EP和高钾浓度。边缘细胞、中间细胞和基底细胞之间的关系通过边缘延伸基底外侧突起与中间细胞交错来证明，中间细胞具有与边缘细胞和基底细胞交错的双向细胞投影。除了这些细胞类型外，SV中还存在其他细胞类型，包括梭形细胞（黄色），内皮细胞，周细胞和巨噬细胞（未显示）。经Korrapati等人许可使用30。 请点击此处查看此图的大图。
图2：在大于或等于出生后第30天（P30+）时解剖成年小鼠耳蜗 。 （A）在步骤3.2中从周围颞骨中提取内耳期间的标本。内耳以紫色勾勒。（B）步骤4.2期间显示耳蜗表面和下层色素SV的标本。（C）步骤4.4中的标本显示从顶端转弯和暴露的SV（黄色箭头）中取出的骨。（D）步骤4.5中的标本显示耳蜗从顶端和中间转弯去除了更多骨头。（E）在步骤4.5期间的标本显示去除覆盖中间转弯的骨，显示下面的SV（黄色箭头）。（F）步骤4.10中较小的SV（黄色箭头）和侧壁（蓝色箭头）的示例。（G）荧光ZsGreen SV的例子，而剩余的侧壁仍然黑暗。 Kcnj10-ZsGreen在SV的中间细胞中特别表达。（H）在步骤4.12中分离较大的SV（黄色箭头）和侧壁（蓝色）的示例。（I）在步骤4.12中SV与侧壁完全分离。 请点击此处查看此图的大图。
图 3：来自 RNAlater处理的成人血管纹的 sNuc-Seq 数据集的 UMAP 图。通过基于模块化的聚类方法和莱顿优化算法对成人SV组织进行RNAlater处理并随后分离细胞核保存的样品进行聚类，并通过2D UMAP图以降维方式进行可视化。每个点代表一个细胞，具有相似转录谱的细胞聚集在一起。细胞类型根据其对成人SV细胞类型表达的已知基因的表达进行着色。将样品在RNAlater中储存不超过6个月。来自大约五只CBA / J P30小鼠的SV用于生成该数据集。请点击此处查看此图的大图。
图4.血管纹是从P30 Kcnj10-ZsGreen鼠标上完全安装的。 从 P30 小鼠安装的 SV 整体安装的共聚焦图像，显示中间细胞、GS-IB4（红色）标记内皮细胞和 DAPI（白色）标记细胞核中的 ZsGreen 表达。 请点击此处查看此图的大图。
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Discussion
在单细胞测序出现之前，许多研究人员使用批量组织分析，这只能分析跨细胞平均的转录组。特别是，单细胞和sNuc-Seq使得分离单细胞或单核的转录组成为可能，分别32。在这种情况下，可以鉴定边缘细胞、中间细胞和基底细胞以及梭形细胞的单核转录组30。这使得能够研究SV细胞类型之间的转录异质性，并可用于将来研究这些细胞类型对SV功能的贡献，包括EP的产生和维持。 使用sNuc-Seq生成的数据集可以以降维的方式显示，以促进理解整体转录差异，并使用UMAP图比较不同的细胞群 图4.有许多方法可以进行生物信息学分析，以解释sNuc-Seq数据集。这些包括但不限于：差异表达分析，单细胞调控网络推断和聚类（SCENIC），热图或grin小提琴图构建以及调节子分析18。单细胞RNA测序的进一步计算分析技术类似于sNuc-Seq，并且在Hwang等人32，Shafer 33和Chen等人34的评论中进行了更详细的讨论。
这种解剖技术的另一个主要应用是免疫染色，以更好地研究SV内的选定结构。我们可以在使用共聚焦显微镜成像的SV整个卡口的设置中观察到这一点（图3）。所有细胞的细胞核都通过DAPI标记可视化。通过用红色GS-IB4对内皮细胞染色 来 观察毛细血管。在这种情况下，中间细胞已经使用中间细胞特异性启动子进行基因修饰以表达ZsGreen。
sNuc-Seq的局限性包括：（1）缺乏空间信息，（2）对免疫细胞群的偏见，以及（3）排除细胞质RNA。空间转录组学技术可以提供有关组织内细胞亚群的更具体信息35。鉴于sNuc-Seq和单细胞RNA测序之间的协议差异，例如组织解离和储存，sNuc-Seq生成的转录谱可能会偏向免疫细胞，同时在表征附着细胞类型方面更强大36。此外，单细胞RNA测序包括细胞质RNA，如线粒体RNA，而sNuc-Seq则不包括。尽管两种方法之间存在这些转录差异，但已经证明，总的来说，sNuc-Seq与全单细胞RNA测序37，特别是在SV中具有相似的转录谱30。
为了成功进行显微切割，有几个关键步骤需要注意。在前几个步骤中，必须正确提取内耳，以避免压碎下面的耳蜗。正确颞骨提取的观察如图 2A所示。一旦耳蜗正确暴露，必须注意轻轻刮擦和折断耳蜗骨，以暴露下面的侧壁和SV。成功提取侧壁和 SV 后，用户必须小心地将 SV 从侧壁上拆下。应在正确的平面上施加足够的力以从侧壁上撬开SV，同时避免损坏脆弱的SV。对于SV显微解剖，考虑“从SV中解剖其他结构”而不是“从耳蜗中解剖SV”可能会有所帮助。
该协议可以针对不同年龄的小鼠和不同的哺乳动物物种（例如大鼠）进行修改。对于年轻的小鼠，组织在质地上会有所不同，结构通常会更小。对于不同的哺乳动物物种，耳蜗的解剖结构将相对相似，动物的大小决定了大部分差异。
通常，该方案的缺点类似于其他耳蜗显微切割技术38。分离脆弱的SV在技术上可能具有挑战性，并且可以将其分解成更小的碎片。
这种技术对于保存Corti的器官以进行整个安装并不是最佳的，因为它经常被该协议损坏。还有其他专门针对保存Corti器官以进行整体安装和免疫染色的解剖技术38，但考虑到sNuc-Seq必须使用新鲜样品以避免RNA降解，而不是在组织固定和脱钙的情况下，这些技术有其自身的缺点。
随着时间的推移和重复，用户将更加适应这种SV显微切割方案。
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Disclosures
作者没有什么可透露的。
Acknowledgments
这项研究得到了美国国立卫生研究院校内研究计划，NIDCD到MH（DC000088）的部分支持
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| 10-µm filter (Polyethylenterephthalat) | PluriSelect | #43-50010-01 | Filter tissue during sNuc-Seq |
| 18 x 18 mm cover glass | Fisher Scientific | 12-541A | Cover slip to mount SV |
| 30-µm filter (Polyethylenterephthalat) | PluriSelect | #43-50030-03 | Filter tissue during sNuc-Seq |
| 75 x 25 mm Superfrost Plus/Colorforst Plus Microslide | Daigger | EF15978Z | Microslide to mount SV on |
| C57BL/6J Mice | The Jackson Laboratory | RRID: IMSR_JAX:000664 | General purpose mouse strain that has pigment more easily seen in the intermediate cells of the SV. |
| Cell Counter | Logos Biosystems | L20001 | Used for cell counting |
| Chalizon curette 5'', size 3 2.5 mm | Biomedical Research Instruments | 15-1020 | Used to transfer SV |
| Chromium Next GEM single Cell 3' GEM Kit v3.1 | Chromium | PN-1000141 | Generates single cell 3' gene expression libraries |
| Clear nail polish | Fisher Scientific | NC1849418 | Used for sealing SV mount |
| Corning Falcon Standard Tissue Culture Dishes, 24 well | Corning | 08-772B | Culture dish used to hold specimen during dissection |
| DAPI | Invitrogen | D1306, RRID: AB_2629482 | Stain used for nucleus labeling |
| Dounce homogenizer | Sigma-Aldrich | D8938 | Used to homogenize tissue for sNuc-seq |
| Dumont #5 Forceps | Fine Science Tools | 11252-30 | General forceps for dissection |
| Dumont #55 Forceps | Fine Science Tools | 11255-20 | Forceps with fine tip that makes SV manipulation easier |
| Fetal Bovine Serum | ThermoFisher | 16000044 | Used for steps of sNuc-Seq |
| Glue stick | Fisher Scientific | NC0691392 | Used for mounting SV |
| GS-IB4 Antibody | Molecular Probes | I21411, RRID: AB-2314662 | Antibody used for capillary labeling |
| KCNJ10-ZsGreen Mice | n/a | n/a | Transgenic mouse that expresses KCNJ10-ZsGreen, partiularly in the intermediate cells of the SV. |
| MgCl2 | ThermoFisher | AM9530G | Used for steps of sNuc-Seq |
| Mounting reagent | ThermoFisher | #S36940 | Mounting reagent for SV |
| Multiwell 24 well plate | Corning | #353047 | Plate used for immunostaining |
| NaCl | ThermoFisher | AAJ216183 | Used for steps of sNuc-Seq |
| Nonidet P40 | Sigma-Aldrich | 9-16-45-9 | Used for steps of sNuc-Seq |
| Nuclease free water | ThermoFisher | 4387936 | Used for steps of sNuc-Seq |
| Orbital shaker | Silent Shake | SYC-2102A | Used for steps of immunostaining |
| PBS | ThermoFisher | J61196.AP | Used for steps of immunostaining and dissection |
| RNA Later | Invitrogen | AM7021 | Used for preservation of SV for sNuc-Seq |
| Scizzors | Fine Science Tools | 14058-09 | Used for splitting mouse skull |
| Tris-HCl | Sigma-Aldrich | 15506017 | Used for steps of sNuc-Seq |
| Trypan blue stain | Gibco | 15250061 | Used for cell counting |
| Tween20 | ThermoFisher | AAJ20605AP | Used for steps of sNuc-Seq |
| Zeiss STEMI SV 11 Apo stereomicroscope | Zeiss | n/a | Microscope used for dissections |
References
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