Vi presenterer en protokoll på hvordan man kan utnytte høy gjennomstrømming cryo-electron tomography å bestemme høy oppløsning in situ strukturer av molekylære maskiner. Protokollen tillater store mengder data som skal behandles, unngår vanlige flaskehalser og reduserer ressurs nedetid, slik at brukeren kan fokusere på viktige biologiske spørsmål.