Detta protokoll ger en metod för att utföra kvantitativ, encelliga in situ analys av proteinuttryck för att studera härstamning specifikation mus preimplantatorisk embryon. De förfaranden som krävs för insamling av blastocyster, hela montering immunofluorescens detektion av proteiner, är avbildning av prov på en konfokalmikroskop och kärnsegmentering och bildanalys som beskrivits.