Denne manuskriptet beskrives en metode til mærkning individuelle messenger RNA (mRNA) udskrifter med fluorescently mærket DNA-sonder, til brug i enkelt-molekyle fluorescens i situ hybridisering (smFISH) eksperimenter i E. coli. smFISH er en visualisering metode, der giver mulighed for samtidige påvisning, lokalisering og kvantificering af enkelt mRNA molekyler i faste individuelle celler.