Detta manuskript beskriver en metod för märkning enskilda budbärar-RNA (mRNA) avskrifter med fluorescently-märkt DNA sonder, för användning i singel-molekyl fluorescens i situ hybridisering (smFISH) experiment i E. coli. smFISH är en visualisering metod som tillåter den samtidiga upptäckt, lokalisering och kvantifiering av enstaka mRNA-molekyler i fast enskilda celler.