Her, beskriver vi en i situ hybridisering analyse, som gør det muligt for følsom og specifik påvisning af sekvenser så kort som 50 nukleotider med enkelt-nukleotid opløsning på én celle-niveau. Analysen, som kan udføres manuelt eller automatisk, kan aktivere visualisering af splice varianter, korte sekvenser og mutationer inden konteksten væv.