Her rapporterer vi fælles metoder til at analysere funktionen fagocyterende murine alveolær makrofager og bakteriel clearance fra lungen. Disse metoder studere in vitro-fagocytose af fluorescein isothiocyanat perler og in vivo fagocytose af Pseudomonas aeruginosa grøn fluorescerende proteiner. Vi beskriver også en metode til at rydde P. aeruginosa i mus.