Här presenterar vi ett detaljerat protokoll för att upptäcka och kvantifiera proteinnivåer under kraniofacial morfogenes/patogenes genom immunofärgning med hjälp av mus kraniofacial vävnader som exempel. Dessutom beskriver vi en metod för beredning och kryosektionering av undecalcified hårda vävnader från unga möss för immunofärgning.