Denne protokollen beskriver en in vitro batch-kultur gjæring system av menneskelig avføring bakterieflora, ved hjelp inulin (en velkjent prebiotiske og en av de mest studerte bakterieflora modulatorer) for å demonstrere bruken av dette systemet i estimering effekter av spesifikke av avførings bakterieflora sammensetning og metabolske aktiviteter.