Journal
/
Biology
/
Mikrobiota-analyse ved hjælp af to-trins PCR og næste generations 16S rRNA-Gensekvensering
JoVE Journal
Biology
A subscription to JoVE is required to view this content.  Sign in or start your free trial.
JoVE Journal Biology
Microbiota Analysis Using Two-step PCR and Next-generation 16S rRNA Gene Sequencing

Mikrobiota-analyse ved hjælp af to-trins PCR og næste generations 16S rRNA-Gensekvensering

DOI:
10.3791/59980-v

•

11:22 min

•

October 15, 2019

•

, , ,
1Department of Pathology,University of Iowa, 2Medical Scientist Training Program,University of Iowa, 3Graduate Program in Immunology,University of Iowa, 4Graduate Program in Molecular Medicine,University of Iowa

Chapters

  • 00:04Title
  • 01:25Extraction of DNA from Fecal Sample
  • 02:2916S rRNA Gene Amplification (PCR1) and DNA Library Construction (PCR2)
  • 03:57Clean-up of Indexed PCR (PCR2) and Quantification
  • 06:03Sequence Analysis
  • 07:49Results: Quality Profile and Statistical Analysis
  • 09:29Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

Beskrevet her er en forenklet standard betjeningsprocedure for mikrobiome profilering ved hjælp af 16S rRNA metagenomanalyse sekvensering og analyse ved hjælp af frit tilgængelige værktøjer. Denne protokol vil hjælpe forskere, som er nye inden for mikrobiom-området, samt dem, der kræver opdateringer om metoder til at opnå bakteriel profilering ved en højere opløsning.

Tags

MicrobiomeMicrobiota16S RRNA Gene SequencingNext-generation SequencingFecal SampleDNA ExtractionPCRGut MicrobiomeMicrobial Profiling

Article

Embed

ADD TO PLAYLIST

Usage Statistics

Related Videos

Fluorescens-mikroskopi Screening og næste generation sekventering: Nyttige værktøjer til identifikation af gener involveret i organel Integrity

Næste generations sekventering af 16S ribosomalt RNA Gene Amplikoner

Målrettet DNA methyleringsanalyse by Next generation Sequencing

Forstærkning, Næste generations sekventering, og Genomisk DNA Kortlægning af retroviral integration steder

Effektiv Nucleic Acid Udvinding og 16S rRNA Gene sekventering for bakteriel Community karakterisering

Guidede protokol for fækal mikrobielle karakterisering af 16S rRNA-amplikon sekventering

Interactome-Seq: En protokol til Domainome bibliotek konstruktion, validering og udvælgelse af Phage Display og næste Generation Sequencing

Kryds Microbiome karakterisering af næste generations 16S rRNA-amplikon sekventering

To-trins omvendt transkriptionsdråbe digitale PCR-protokoller til SARS-CoV-2-detektion og kvantificering

En magnetisk perle-baseret Mosquito DNA ekstraktion protokol for næste generations sekventering

Read Article