Beskrevet her er en forenklet standard driftsprosedyre for mikrobiomet profilering bruker 16S rRNA metagenomic sekvensering og analyse ved hjelp av fritt tilgjengelige verktøy. Denne protokollen vil hjelpe forskere som er nye til mikrobiomet feltet så vel som de som krever oppdateringer på metoder for å oppnå bakteriell profilering på en høyere oppløsning.