Her præsenterer vi en protokol, der beskriver hvordan i) samler en selvkopierende vektor ved hjælp af den modulære CyanoGate klonings værktøjssæt, II) indfører vektoren i en cyanobakterial vært ved konjugering, og III) karakteriserer transgene cyanobakterier stammer ved hjælp af en plade læseren eller flowcytometri.