אנו מתארים כאן פרוטוקול לאפיון אינטראקציות חלבון-חלבון בין שני חלבונים מבוטאים בצורה שונה מאוד ב- Pseudomonas aeruginosa חי באמצעות מדידות FLIM-FRET. הפרוטוקול כולל מבני זני חיידקים, קיבוע חיידקים, הדמיה ושגרת ניתוח נתונים לאחר הדמיה.