Описаны экспериментальные процедуры выполнения ковалентной маркировки на основе диэтилпирокарбоната с масс-спектрометрическим детектированием. Диэтилпирокарбонат просто смешивают с интересуемым белком или белковым комплексом, что приводит к модификации доступных растворителю аминокислотных остатков. Модифицированные остатки могут быть идентифицированы после протеолитического сбраживания и анализа жидкостной хроматографии/масс-спектрометрии.