De eksperimentelle procedurer for udførelse af diethylpyrocarbonatbaseret kovalent mærkning med massespektrometrisk detektion er beskrevet. Diethylpyrocarbonat blandes simpelthen med det protein- eller proteinkompleks af interesse, hvilket fører til modifikation af opløsningsmiddeltilgængelige aminosyrerester. De modificerede restkoncentrationer kan identificeres efter proteolytisk fordøjelse og analyse af flydende kromatografi/massespektrometri.