De eksperimentelle prosedyrene for å utføre dietylpyrokarbonatbasert kovalentmerking med massespektrometrisk deteksjon er beskrevet. Diethylpyrokarbonat blandes ganske enkelt med protein- eller proteinkomplekset av interesse, noe som fører til modifikasjon av løsningsmiddel tilgjengelige aminosyrerester. De modifiserte rester kan identifiseres etter proteolytisk fordøyelse og flytende kromatografi / massespektrometrianalyse.