このプロトコルは、サンプル収集、代謝産物抽出、液体クロマトグラフィー - タンデム質量分析データ取得の概要、3Dモデル生成、および最後にデータ視覚化を含む、トリパノソマチド感染中の代謝産物分布の3Dモデルを生成する手順を説明する。