يصف هذا البروتوكول الخطوات اللازمة لإنشاء نموذج ثلاثي الأبعاد لتوزيع الأيض أثناء عدوى المثقبيات ، بما في ذلك جمع العينات ، واستخراج الأيض ، ونظرة عامة على اكتساب بيانات قياس الطيف الكتلي الكروماتوغرافي السائل ، وتوليد نموذج 3D ، وأخيرا ، تصور البيانات.