Этот протокол описывает шаги по созданию 3D-модели распределения метаболитов во время трипаносоматидной инфекции, включая сбор образцов, извлечение метаболитов, обзор сбора данных жидкостной хроматографии-тандемной масс-спектрометрии, генерацию 3D-моделей и, наконец, визуализацию данных.