Masspektrometrisk karakterisering av neuropeptider ger sekvens-, kvantifierings- och lokaliseringsinformation. Detta optimerade arbetsflöde är inte bara användbart för neuropeptidstudier, utan också andra endogena peptider. Protokollen som tillhandahålls här beskriver provberedning, MS-förvärv, MS-analys och databasgenerering av neuropeptider med LC-ESI-MS, MALDI-MS-spotting och MALDI-MS-avbildning.