A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.
Chapters
- 00:04Introduction
- 01:04Cell Lysis and Tn5 Tagmentation
- 01:52DNA Purification
- 02:57PCR Amplification
- 03:43Beads Purification
- 04:26Results: Comparison of TSS Enrichment Scores and Differential Peaks Obtained Using Optimized Cell‐Lysis Buffers, Cell Number Input, and Tn5 Concentration of ATAC‐Seq Libraries
- 06:33Conclusion
ATAC-seq er en DNA-sekventeringsmetode, der bruger den hyperaktive mutanttransposase, Tn5, til at kortlægge ændringer i kromatintilgængelighed medieret af transkriptionsfaktorer. ATAC-seq muliggør opdagelsen af de molekylære mekanismer, der ligger til grund for fænotypiske ændringer i kræftceller. Denne protokol skitserer optimeringsprocedurer for ATAC-seq i epitelcelletyper, herunder kræftceller.
