Journal
/
/
Kanser Epigenetiği Araştırmaları için ATAC-Seq Optimizasyonu
JoVE Journal
Cancer Research
Author Produced
A subscription to JoVE is required to view this content.  Sign in or start your free trial.
JoVE Journal Cancer Research
ATAC-Seq Optimization for Cancer Epigenetics Research
DOI:

07:13 min

June 30, 2022

, , , ,

Chapters

  • 00:04Introduction
  • 01:04Cell Lysis and Tn5 Tagmentation
  • 01:52DNA Purification
  • 02:57PCR Amplification
  • 03:43Beads Purification
  • 04:26Results: Comparison of TSS Enrichment Scores and Differential Peaks Obtained Using Optimized Cell‐Lysis Buffers, Cell Number Input, and Tn5 Concentration of ATAC‐Seq Libraries
  • 06:33Conclusion

Summary

Automatic Translation

ATAC-seq, transkripsiyon faktörlerinin aracılık ettiği kromatin erişilebilirliğindeki değişiklikleri haritalamak için hiperaktif mutant transpozaz Tn5'i kullanan bir DNA dizileme yöntemidir. ATAC-seq, kanser hücrelerinde fenotipik değişikliklerin altında yatan moleküler mekanizmaların keşfedilmesini sağlar. Bu protokol, kanser hücreleri de dahil olmak üzere epitel hücre tiplerinde ATAC-seq için optimizasyon prosedürlerini özetlemektedir.

Related Videos

Read Article