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がんエピジェネティクス研究のためのATAC-Seq最適化
JoVE Journal
Cancer Research
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JoVE Journal Cancer Research
ATAC-Seq Optimization for Cancer Epigenetics Research
DOI:

07:13 min

June 30, 2022

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Chapters

  • 00:04Introduction
  • 01:04Cell Lysis and Tn5 Tagmentation
  • 01:52DNA Purification
  • 02:57PCR Amplification
  • 03:43Beads Purification
  • 04:26Results: Comparison of TSS Enrichment Scores and Differential Peaks Obtained Using Optimized Cell‐Lysis Buffers, Cell Number Input, and Tn5 Concentration of ATAC‐Seq Libraries
  • 06:33Conclusion

Summary

Automatic Translation

ATAC-seqは、多動変異トランスポザーゼTn5を使用して、転写因子によって媒介されるクロマチンアクセシビリティの変化をマッピングするDNAシーケンシング法です。ATAC-seqは、がん細胞の表現型変化の根底にある分子メカニズムの発見を可能にします。このプロトコルは、がん細胞を含む上皮細胞タイプにおけるATAC-seqの最適化手順の概要を示しています。

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