Journal
/
/
ATAC-Seq optimering för cancerepigenetikforskning
JoVE Journal
Cancer Research
Author Produced
A subscription to JoVE is required to view this content.  Sign in or start your free trial.
JoVE Journal Cancer Research
ATAC-Seq Optimization for Cancer Epigenetics Research
DOI:

07:13 min

June 30, 2022

, , , ,

Chapters

  • 00:04Introduction
  • 01:04Cell Lysis and Tn5 Tagmentation
  • 01:52DNA Purification
  • 02:57PCR Amplification
  • 03:43Beads Purification
  • 04:26Results: Comparison of TSS Enrichment Scores and Differential Peaks Obtained Using Optimized Cell‐Lysis Buffers, Cell Number Input, and Tn5 Concentration of ATAC‐Seq Libraries
  • 06:33Conclusion

Summary

Automatic Translation

ATAC-seq är en DNA-sekvenseringsmetod som använder det hyperaktiva mutanttransposaset, Tn5, för att kartlägga förändringar i kromatintillgänglighet medierad av transkriptionsfaktorer. ATAC-seq möjliggör upptäckt av de molekylära mekanismer som ligger bakom fenotypiska förändringar i cancerceller. Detta protokoll beskriver optimeringsprocedurer för ATAC-seq i epitelcelltyper, inklusive cancerceller.

Related Videos

Read Article