A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.
Chapters
- 00:04Introduction
- 01:04Cell Lysis and Tn5 Tagmentation
- 01:52DNA Purification
- 02:57PCR Amplification
- 03:43Beads Purification
- 04:26Results: Comparison of TSS Enrichment Scores and Differential Peaks Obtained Using Optimized Cell‐Lysis Buffers, Cell Number Input, and Tn5 Concentration of ATAC‐Seq Libraries
- 06:33Conclusion
ATAC-seq är en DNA-sekvenseringsmetod som använder det hyperaktiva mutanttransposaset, Tn5, för att kartlägga förändringar i kromatintillgänglighet medierad av transkriptionsfaktorer. ATAC-seq möjliggör upptäckt av de molekylära mekanismer som ligger bakom fenotypiska förändringar i cancerceller. Detta protokoll beskriver optimeringsprocedurer för ATAC-seq i epitelcelltyper, inklusive cancerceller.
