Glycan profilering af plantecellevægge Polymerer med Microarrays

Published 12/17/2012
0 Comments
  CITE THIS  SHARE 
Biology

Your institution must subscribe to JoVE's Biology section to access this content.

Fill out the form below to receive a free trial or learn more about access:

Welcome!

Enter your email below to get your free 10 minute trial to JoVE!





By clicking "Submit", you agree to our policies.

 

Summary

En teknik kaldet

Cite this Article

Copy Citation

Moller, I. E., Pettolino, F. A., Hart, C., Lampugnani, E. R., Willats, W. G., Bacic, A. Glycan Profiling of Plant Cell Wall Polymers using Microarrays . J. Vis. Exp. (70), e4238, doi:10.3791/4238 (2012).

Please note that all translations are automatically generated.

Click here for the english version. For other languages click here.

Abstract

Plant cellevægge er komplekse matricer af heterogene glycaner, som spiller en vigtig rolle i fysiologi og udvikling af planter og give de råvarer til menneskelige samfund (f.eks træ, papir, tekstil-og biobrændstof industri) 1,2. At forstå biosyntesen og funktionen af ​​disse komponenter er fortsat udfordrende.

Cellevæg glycans er kemisk og konformationelt forskelligartede på grund af kompleksiteten af ​​deres byggesten, de glycosylrester. Disse danner bindinger ved flere positioner og afviger i ringstruktur, isomer eller anomere konfiguration, og endvidere substitueret er med et array af ikke-sukkerrester. Glycan sammensætning varierer i forskellige celle-og / eller vævstyper eller sub-domæner af en enkelt celle væg 3. Desuden er deres sammensætning også ændret under udvikling 1, eller som svar på miljømæssige signaler 4.

I exces af 2.000 gener har Plantecellekulturer vægge er komplekse matricer af heterogene glycaner blevet forudsagt at være involveret i cellevæg glycan biosyntese og modifikation i Arabidopsis 5. Imidlertid har relativt få af de biosyntetiske gener blevet funktionelt karakteriseret 4,5. Omvendt genetik fremgangsmåder vanskelige, fordi de gener ofte udtrykkes forskelligt, ofte i lave niveauer, mellem celletyper 6. Også, er mutant undersøgelser ofte hindres af gen-redundans eller kompenserende mekanismer, der sikrer passende cellevæg funktion opretholdes 7. Således nye metoder er nødvendige for hurtigt at karakterisere de mange forskellige glycan strukturer og lette funktionelle genomiktilgange at forstå cellevægsbiosyntesen og modifikation.

Monoklonale antistoffer (mAbs) 8,9 er dukket op som et vigtigt redskab til at bestemme glycan struktur og fordeling i planter. Disse anerkender distinct epitoper til stede i større klasser af plantecellevægge glycans, herunder pectiner, xyloglucans, xylaner, mannaner, glucaner og Arabinogalactaner. For nylig deres anvendelse er blevet udvidet til store screening eksperimenter for at bestemme den relative forekomst af glycaner i en bred vifte af plante-og vævstyper samtidigt 9,10,11.

Her præsenterer vi en microarray-baseret glycan screeningsmetode kaldet Omfattende Microarray Polymer Profiling (CoMPP) (figur 1 & 2) 10,11, som giver flere prøver (100 sek) skal screenes ved hjælp af en miniaturiseret microarray platform med reduceret reagens og prøvevolumener. The Spot signalerne på microarray formelt kan kvantificeres for at give semi-kvantitative data om glycan epitop forekomst. Denne fremgangsmåde er velegnet til at spore glycan ændringer i komplekse biologiske systemer 12 og giver et samlet overblik over cellevæggen præparat især når forudgående kendskab of dette er ikke tilgængelig.

Protocol

1. Tissue Collection & Forberedelse

  1. Collect 100 mg frisk vægt af plantevæv (minimum 10 mg tørvægt) i mindst tre eksemplarer for hvert væv af interesse. De følgende trin beskriver fremstillingen af ​​cellevæggen materiale fra vegetative væv. I tilfælde af storage væv, er un-ønskede stivelse enzymatisk fjernet før man går videre med udvinding af cellevægsbestanddele polymerer som tidligere beskrevet 13.
  2. Homogeniser prøverne til et fint pulver med flydende nitrogen under anvendelse af en Qiagen TissueLyser II, med 24 rør adapter sæt og 3 mm wolframcarbid perler (30 Hz, 2 x 30 sek). Alternativt, hvis kun et par prøver behandles, er en morter og støder anvendes.
  3. Overfør homogenaterne i 10 ml plast koniske rør.
  4. Forbered cellevægsmateriale ved vask af homogenaterne i 10 ml 80% v / v ethanol ved stuetemperatur og vortexbehandling kraftigt i 2 min.
  5. Centrifuger prøverne ved 3500 x g og kassér supernatanten. Gentag 70% ethanol vasker mindst tre gange eller indtil supernatanten er klar, især for væv, som indeholder klorofyl.
  6. Udfør en afsluttende vask med 100% acetone og lade pillerne indeholder alkohol Uopløselige Rester (AIR) til lufttørre natten over.
  7. Sieve luftprøverne med en 0,4 mm 2 mesh for at opnå et fint, homogent pulver og fjerne større, dårligt formalede partikler, der engang forbliver i homogenatet.
  8. Vejer 10 mg luftprøve i mikrorør, hver indeholdende en 3 mm glaskugle på støtte blanding af prøver.

2. Ekstraktion af cellevæg Glycans

  1. Pectiner og polymerer er forbundet med pectiner ekstraheret fra prøverne ved tilsætning af 500 pi af 50 uM CDTA (pH 7,5) til hver prøve.
  2. Kort vortex rørene for at sikre, at opløsningsmidlet er i kontakt med prøvematerialet, hvorefter der blandes ved hjælp af TissueLyser i 3 timer ved 8 Hz.
  3. Centrifuger prøver ved 12.000 xg, omhyggeligt remove supernatanterne og opbevares ved 4 ° C.
  4. Vask pellets i 1 ml deioniseret vand til at fortynde og fjerne eventuelt tilbageværende opløsningsmiddel, vortex og der centrifugeres ved 13.000 x g. Gentag dette trin uden at forstyrre pelleten og fjerne al væske fra rørene, før du går videre til næste trin.
  5. Tværbindende glycans sekventielt ekstraheres fra den resterende cellevæg pellet med 500 pi 4M NaOH til 0,1% vægt / volumen NaBH4 ved anvendelse af samme procedure som beskrevet i trin fra 2,1 til 2,4 for CDTA ekstraktion. NaBH4 tilsættes til reduktion af aldehydet (eller keto)-gruppe i den reducerende ende af polysacchariderne til en alkohol og derved forhindre bunden skrælning af polysaccharider.
  6. Efter centrifugering er supernatanterne igen fjernet, opbevaret ved 4 ° C, og pelleterne vasket to gange i deioniseret vand før der fortsættes til den næste ekstraktion.
  7. Som et valgfrit trin, der resterende polymerer, såsom cellulose ekstraheret med 500 pi cadoxen (31% v / v 1,2-diaminoethane med 0,78 M CdO) under anvendelse af samme procedure som beskrevet i trin fra 2,1 til 2,4. Alternativt kan absolut cellulosebaseret indhold i de resterende pellets bestemmes ved Eddikesyre / Nitric assays (se diskussionen).

3. Udskrivning Microarrays

  1. Centrifugeres supernatanter indeholdende ekstraheret cellevægsbestanddele polymerer ved 13.000 x g for at fjerne partikler.
  2. Load 50 pi af hver prøve i en polypropylen 384 brønde mikrotiterplade med en foruddesignet brugerdefinerede layout, hvor prøver er ordnet efter vævstype og udvinding type.
  3. Fortynd cellevæggen polymerprøven i en 0, 5 og 25 gange seriel fortynding serie med deioniseret vand.
  4. Parametre som pin højde, indsamling og hviletiden, og vasketrin er indstillet på software styrer microarrayer.
  5. Fugtigheden af ​​trykning kammeret styres ved 60% for at forhindre prøven fordampning.
  6. Det printjob er begyndt at bruge LabNEXT software, og et program, som svarer til microarray layout.
  7. Robotten anvender kapillarkanalernes pins at udskrive løsninger fra prøven plade på 20 x 20 cm nitrocellulosemembran som er fastgjort til en plan plade i maskinen. Hvert sted på arrayet indeholder 15 nl af opløsning og trykkes in triplo.
  8. Identiske microarrays er trykt ved siden af ​​hinanden på membranen og skæres i de enkelte arrays efter udskriftsjobbet er fuldført.
  9. I hvert eksperiment de arrays kan modificeres med henblik på at rumme flere eller færre prøver, fortyndinger eller replikater.

4. Probing af glycan Microarrays

  1. Efter trykning blokere de enkelte microarrays i 5% vægt / volumen skummetmælkspulver opløst i phosphatbufret saltvand (MPBS) ved stuetemperatur i 2 timer for at reducere ikke-specifik binding.
  2. Probe microarrays med monoklonale antistoffer specifikke for celle-væg glycan epitoper i 2 timer i MPBS. De fleste monoklonale Antibodies mod cellevæggen glycans er kommercielt tilgængelige fra tre selskaber, Biosupplies ( www.biosupplies.com.au ), Carbosource Services ( www.carbosource.net ) og PlantProbes ( www.plantprobes.net ).
  3. Omfatte en negativ kontrol, et mikroarray inkuberet med kun MPBS og ingen primære antistof.
  4. Vask microarrays 3 gange i phosphatbufret saltvand (PBS) i 5 minutter til fjernelse af ikke-specifik binding.
  5. Probe de microarrays med sekundært antistof konjugeret til peberrodsperoxidase (HRP) i MPBS i 2 timer. De fleste monoklonale antistoffer mod cellevægge glycans kræver anti-muse eller anti-rotte sekundære antistoffer.
  6. Gentag vasketrin 3 gange med PBS-puffer i 5 minutter til fjernelse af ikke-specifik binding.
  7. Udvikle microarrays ved hjælp af kromogent (3,3-diaminobenzidin) eller chemiluminecent (luminol) substrater.

5. Kvantificering

  1. Efter udvikling, scanne de enkelte microarrays ved hjælp af en høj opløsning (1.200 dpi) desktop scanner og gemme billederne som negative, 16-bit TIFF-filer (Figur 3).
  2. Beregn integralet intensiteten af ​​hver plet med Xplore Image Processing Software (LabNEXT) udstyret med en automatiseret gitter værktøj. Integralet spot intensitet er afledt fra summen af ​​pixels i gitteret området omkring hver plet.
  3. De grid data for hver microarray eksporteres som en txt-fil og kan manuelt importeres i et Excel-regneark til analyse. Et online værktøj ( http://microarray.plantcell.unimelb.edu.au/ ) er blevet udviklet til automatisk at oversætte og bearbejde data fra de enkelte txt-filer.
  4. Den integrerede spot intensitet gennemsnit på tværs af udskrivning gentagelser og fortyndinger at opnå en »gennemsnitlig pletintensitet "værdi for hver enkelt prøve (figur 2). Alternativt er stedet signaler svarende til en enkelt fortynding værdi på arrayet anvendes til at kvantificere relative glycan epitop tæthed for hver prøve.
  5. De relative gennemsnitlige spot intensiteter mellem forskellige prøver, præsenteres som en heatmap (figur 4) ved hjælp af betinget formatering i Excel eller online heatmapper værktøjer ( http://bar.utoronto.ca/welcome.htm ). Dataene for hvert antistof type er korrigeret til 100 og en 5% afskæringsværdi pålægges at fjerne baggrundssignalet og falske positive.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Representative Results

Den relative forekomst af glycaner i seks vævstyper (anther filamenter, pollen, æggestokke, kronblade, bægerblade og stigmatisering) fra Nicotiana alata blomster blev bestemt ved anvendelse CoMPP. Figur 3A viser et repræsentativt microarray, der er probet med mAb JIM5 specifikt for delvist (lav) methylesterified homogalacturonan (HG), en epitop der forekommer på pectinstoffer polysaccharider 14. Den JIM5 epitopen påvises i CDTA ekstrakter af alle blomster væv men er størst i pollen og mindst i Stigmatiserede væv (figur 3A og 4A). Interessant nok er JIM5 epitopen også detekteret i NaOH ekstrakter i pollen, men ikke i andre væv (figur 3A).

Kvantitative oplysninger om forekomsten af en glycan af interesse opnås ved at indbefatte en række oprenset polysaccharider som interne standarder på microarray (figur 3B). Integral spot intensiteten af ​​ekstrakter af forskellige t spørgsmål probet med mAb JIM5 er tilpasset til stedet udledt fra en seriel fortynding af homogalacturonan (25% grad af esterificering methyl, DE). I frugtknudevæv, var ca 157 ug homogalacturonan indeholdende JIM5 epitopen er til stede i hver prøve, udgjorde cirka 1,5% (på vægtbasis) af den samlede cellevægs-rester (fig. 3C). Henviser til 625 ug homogalacturonan indeholdende JIM5 epitopen var til stede i pollen væv, udgjorde cirka 6,25% (på vægtbasis) af den samlede cellevæg remanens.

Den relative forekomst af 15 glycan epitoper er opsummeret som et heatmap i figur 4, hvor intensiteten af farvebjælker er proportional med den justerede gennemsnitlige spot intensitet for hver prøve. En grafisk gengivelse af disse data er også vist i figur 5, og tillader os hurtigt at fortolke forskellige glycan epitop forekomst mellem de forskellige blomst væv.

NDHOLDET "> Vore resultater viser, at individuelle glycan epitoper er unikt fordelt mellem N. alata blomst væv. For eksempel er det LM13 epitopen (lineariseret (1-5)-α-L-arabinan 15) mest forekommende i støvknap filamenter og bægerblad væv sammenlignet med andre væv (figur 5D). Dette mønster er i slående kontrast til den for kortere kæde (1-5)-α-L-arabinan-epitoper fortrinsvis detekteres af mAb LM6 (figur 5E) 15. Tværbinding glycans har også særskilte mønstre af forekomst i N. alata blomster. LM10 epitop (lavsubstitueret (1-4)-β-D-xylan) er rigeligt i stigma væv sammenlignet med andre væv, men er fraværende i frugtknudevæv (figur 5G). LM15 xyloglycan epitoper er højest i blad-og støvknap-filament sammenlignet med andre væv (figur 5H), mens heteromannans er højest i støvknappens filamenter (figur 5J).


Figur 1. En forenklet flowdiagram, der repræsenterer de fem vigtigste trin Omfattende Microarray Polymer Profiling (CoMPP).

Figur 2
Figur 2. En illustration af de vigtigste led i Comprehensive Microarray Polymer Profiling (CoMPP). (A) plantevæv opsamles som tre gentagelser, homogeniseret og vasket i 70% EtOH og acetone for at gøre alkohol uopløselige rester (AIR). (B) cellevæg glycans sekventielt ekstraheret fra luftprøver med 50 mM CDTA og 4 M NaOH. (C) ekstraheret cellevægsbestanddele glycaner er trykt på nitrocellulose ved anvendelse af en mikroarray robot. Hver prøve er repræsenteret i tre koncentrationer, og som en serie på fire trykning replikates. (D) De trykte arrays probet individuelt med mAb'er rettet mod cellevægs-glycans epitoper. (E) The Spot signaler kvantificeres ved hjælp af microarray imaging software, eksporteret som txt-filer og relative gennemsnitlige spot intensitet værdier automatisk beregnet ved hjælp af en online databehandling værktøj.

Figur 3
Figur 3. Glycan profilering af Nicotiana alata blomst væv. (A) En repræsentant microarray probet med monoklonalt antistof (mAb) JIM5 specifikt for homogalacturonan (delvist, lav methylesterification) angives som et negativt, 16-bit TIFF-fil. (B) Mængden af ​​polysaccharid, der indeholder en glycan epitop af interesse kan kvantificeres ved at udskrive en serie af polysaccharid standarder. (C) Integral spot intensitet prøve af interesse, probet med mAbJIM5 beregnes og matches med en standardkurve for at beregne mængden (ug) af polysaccharid indeholdende denne epitop i prøven.

Figur 4
Figur 4. Glycan profilering af Nicotiana alata blomst væv repræsenteret som et heatmap. Farveintensiteten er proportional med den relative middelværdi stedet identitet værdi (skala bar). Relative forekomst af 15 glycan epitoper detekteret af monoklonale antistoffer (angivet øverst) blev analyseret for seks vævstyper ekstraheret med CDTA og NaOH (venstre side). De glycan epitoper falder i tre brede klasser af polysaccharider, pectiner, tværbindende glycans og arabinogalactan proteiner (AGPS). mig, methyl-esterificering, DP, polymeriseringsgrad; mAb og monoklonale antistoffer AGP, arabinogalactan-protein.


Figur 5. Glycan profilering af Nicotiana alata blomst væv er repræsenteret billedligt. AL repræsenterer den relative forekomst af 12 glycan epitoper påvises ved mAbs i forskellige blomst væv. Skalaen bar farveintensitet er proportional med den relative middelværdi spot identitet værdi er afledt af enten CDTA eller NaOH ekstrakter eller en sum af begge dele. mig, methyl-esterificering, DP, polymerisationsgrad, MAB, monoklonale antistoffer. AGP, arabinogalactan-protein Klik her for at se større figur .

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Discussion

CoMPP er en hurtig og følsom fremgangsmåde til profilering af glycan sammensætning af hundreder plante-afledte prøver i løbet af få dage. Denne fremgangsmåde supplerer de allerede tilgængelige bakterier eller pattedyr glycan array-platforme til high-throughput screening af kulhydrat interaktioner med glycan-bindingsproteiner, såsom lectiner, receptorer og antistoffer 16. Med en stor mangfoldighed af prober er tilgængelige til påvisning af cellevægs-glycans, er det muligt at opnå oplysninger om glycan epitoper, der tilhører alle store klasser af polysaccharider i plantecellevæggen 8,9. Men disse omfatter kun en lille del af de glycan strukturer, der er blevet identificeret 8,9, og i nogle tilfælde begrænse forståelighed CoMPP. Ikke desto mindre har denne evne for nylig blevet udvidet ved anvendelse af carbohydratbindende modul (CBM) mod plantepatogene glycans 17 og også mod epitoper er kendetegnet ved ikke-glycosyl residues såsom phenoler 18 og acetylgrupper rester 19, der modificerer glycosylrester og spiller en vigtig rolle i glycan funktion.

Selv CoMPP bestemmer de relative niveauer af glycaner på tværs af en række prøver, er det muligt at kvantificere de epitop-niveauer i sekventielle ekstrakter ved at sammenligne bindingen signal i specifikke prøver med kendte standarder (Figur 3B og C). Trods fordelene ved reducerede prøvevolumener i en microarray-baseret platform, kan evnen til præcist at kvantificere glycan begivenhed hindres af forskelle i spot morfologi eller mætning af spot signal. Disse problemer (og falske positiver) undgås ved at optimere mængden af cellevægsmateriale vers ekstraktionsmiddel volumen, før analyse, og med en serie af replikater og fortyndinger som beskrevet her og i mammale glycan array-metoder 16. Endvidere forskelle i stedet morfologi (som følge af diffusion af prøverved forskellige hastigheder fra kontaktpunkt) kan overvindes ved anvendelse af berøringsfri blækprinter mikroopstillingsteknologi 16.

CoMPP anvendes i kombination med etablerede procedurer for isolering og forberedelse af cellevægge 20. Det kan også anvendes parallelt med eksisterende biokemiske, enzymatiske og fysiske metoder til at opnå yderligere oplysninger om glycan indhold i prøver af interesse. For eksempel i stedet for at udvinde cellulosepolymerer, Eddikesyre / salpetersyre assays 20 kan anvendes til at kvantificere cellulose indhold (mg) tilbage efter sekventiel ekstraktion af pectin og tværbinding glycaner med CDTA og NaOH. Enzym behandling af glycan microarrays 21 kan også afsløre yderligere forskelle i glycan epitop fordelingsreglerne prøver, eller bekræfte specificiteten af epitoper strukturer opdaget på mikroarrayet. Bestemmelsen af ​​glycan præparat af uafhængige analytiske teknikker, såsom de for nylig beskrevet

Vi viser, at glycans er fordelt i et organ eller vævsspecifik måde i N. alata blomster. Denne information kan give indsigt i den biologiske funktion af glycan epitoper eller glycan syntetisering eller ændre enzymer i disse forskellige celletyper. CoMPP har tidligere givet indsigt i cellevægspræparater ændringer, der opstår i forbindelse med plante typen 22 under udvikling 23,24 eller som reaktion på mutation 10,25. Sammenfattende er CoMPP et værdifuldt værktøj til at studere mange roller glycaner og glycan syntetisere og ændre gener i planten cellevæggen.

Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.

Disclosures

Ingen interessekonflikter erklæret.

Acknowledgements

IEM vil gerne anerkende det danske Forskningsråd (FTP og FNU) til finansiering. ERL anerkender støtte fra en ARC DP tilskud. AB anerkender støtte fra ARC Centre of Excellence i Plant Cell Walls tilskud.

Materials

Name Company Catalog Number Comments
3 mm Tungsten Carbide beads Qiagen 69997
Collection microtubes (1.2 mm) Qiagen 19560 1.5 ml microfuge tubes can also be used
Qiagen TissueLyser II Qiagen 85300
3 mm glass beads Sigma Aldrich Z143928
CDTA Sigma Aldrich 34588
Cadmium oxide Sigma Aldrich 202894
1,2-diamin–thane Sigma Aldrich 03550
Nitrocellulose membrane (0.22 μm pore size) GE-water process technologies EP2HY00010 different pore sized membranes are suitable for different pin types
Xact II microarrayer robot Labnext 001A the Xact II robot was fitted with a custom 20 x 20 cm ceramic plate to which the nitrocellulose membrane is attached
Xtend RM microarray pins Labnext 0037-350 pins must be suitable for spotting on membranes
384 well microtiter plates (polypropylene) Greiner 781207
Anti-glycan monoclonal antibodies Plant Probes/
CarboSource/Biosupplies
Websites; PlantProbes (www.plantprobes.net), Carbosource (www.carbosource.net) and Biosupplies (www.biosupplies.com.au).
Anti-Rat IgG (whole molecule) - Peroxidase antibody produced in goat. Sigma A9037 the type of secondary antibodies depends on the primary antibody used (e.g. raised in rat, mouse, goat etc).
SIGMAFAST 3,3'-Diaminobenzidine tablets Sigma D4293 the type of developing reagent depends on the secondary antibodies used and the detection method (colourmetric, or chemiluminecent).
SuperSignal West Pico Chemiluminescent Substrate Thermoscientific 34080 see above
Xplore Image Processing Software LabNext 008 many software types with automatic gridding tools are available to measure pixel value of microarray spots.
Plant polysaccharides Sigma/Megazyme

DOWNLOAD MATERIALS LIST

References

  1. Carpita, N. C., Gibeaut, D. M. Structural models of primary cell walls in flowering plants: consistency of molecular structure with the physical properties of the walls during growth. Plant J. 3, 1-30 (1993).
  2. Somerville, C. Biofuels. Curr. Biol. 17, 115-119 (2007).
  3. Willats, W. G., Orfila, C., Limberg, G., et al. Modulation of the degree and pattern of methyl-esterification of pectic homogalacturonan in plant cell walls. implications for pectin methyl esterase action, matrix properties, and cell adhesion. J. Biol. Chem. 276, 19404-19413 (2001).
  4. Doblin, M. S., Pettolino, F., Bacic, A. Plant cell walls: the skeleton of the plant world. Functional Plant Biology. 37, 357-381 (2010).
  5. Carpita, N., Tierney, M., Campbell, M. Molecular biology of the plant cell wall: searching for the genes that define structure, architecture and dynamics. Plant Molecular Biology. 47, 1-5 (2001).
  6. Sarria, R., Wagner, T. A., O'Neill, M. A., Faik, A., et al. Characterization of a family of Arabidopsis genes related to xyloglucan fucosyltransferase1. Plant Physiol. 127, 1595-1606 (2001).
  7. Somerville, C., Bauer, S., Brininstool, G. Toward a systems approach to understanding plant cell walls. Science. 306, 2206-2211 (2004).
  8. Willats, W. G. T., Knox, J. P. Molecules in context: probes for cell wall analysis. The Plant Cell Wall. Rose, J. K. C. Blackwell. 92-110 (2003).
  9. Pattathil, S., Avci, U., Baldwin, D., et al. A Comprehensive Toolkit of Plant Cell Wall Glycan-Directed Monoclonal Antibodies. Plant Physiology. 153, 514-525 (2010).
  10. Moller, I. E., Sørensen, I., Bernal, A. J., et al. High-throughput mapping of cell-wall polymers within and between plants using novel microarrays. The Plant J. 50, 1118-1128 (2007).
  11. Sørensen, I., Willats, W. G. T. Screening and characterization of plant cell walls using carbohydrate microarrays. Methods Mol. Biol. 715, 115-121 (2011).
  12. Moller, I. E., Licht, D. eF. ine, Harholt, H. H., J,, et al. The dynamics of plant cell-wall polysaccharide decomposition in leaf-cutting ant fungus gardens. PLoS One. 6, (3), e17506 (2011).
  13. Pettolino, F. A., Walsh, C., Fincher, G. B. Chemical procedures for the determination of polysaccharide composition of plant cell walls. Nature Protocols. In Press (2012).
  14. Clausen, M. H., Willats, W. G. T., Knox, J. P. Synthetic methyl hexagalacturonate hapten inhibitors of anti-homogalacturonan monoclonal antibodies LM7, JIM5 and JIM7. Carbohydrate Res. 338, 1797-1800 (2003).
  15. Verhertbruggen, Y., Marcus, S. E., Haeger, A., et al. Developmental complexity of arabinan polysaccharides and their processing in plant cell walls. Plant J. 59, 413-425 (2009).
  16. Heimburg-Molinaro, J., Song, X., Smith, D. F. UNIT 12.10 Preparation and Analysis of Glycan Microarray. Current Protocols in Protein Science. (2011).
  17. McCartney, L., Blake, A., Flint, J., et al. Differential recognition of plant cell walls by microbial xylan-specific carbohydrate-binding modules. PNAS. 103, 4765-4770 (2006).
  18. Caño-Delgado, A. I., Metzlaff, K., Bevan, M. W. The eli1 mutation reveals a link between cell expansion and secondary cell wall formation in Arabidopsis thaliana. Development. 127, 3395-3405 (2000).
  19. Manabe, Y., Nafisi, M., Verhertbruggen, Y., et al. Loss-of-Function Mutation of REDUCED WALL ACETYLATION2 in Arabidopsis Leads to Reduced Cell Wall Acetylation and Increased Resistance to Botrytis cinerea. Plant Physiology. 155, 1068-1078 (2011).
  20. Updegraff, D. Semimicro determination of cellulose in biological materials. Anal. Biochem. 32, 420-424 (1969).
  21. 21Moller, I., Marcus, S. E., Haeger, A., et al. High-throughput screening of monoclonal antibodies against plant cell wall glycans by hierarchial clustering of their carbohydrate microarray binding profiles. Glycoconjugate Journal. 25, 37-48 (2007).
  22. Sørensen, I., Pettolino, F. A., Wilson, S. M., et al. Mixed linkage (1→3),(1→4)-β-D-glucan is not unique to the Poales and is an abundant component of Equisetum arvense cell walls. Plant J. 54, (13), 510-521 (2008).
  23. Domozych, D. S., Sørensen, I., Willats, W. G. T. The distribution of cell wall polymers during antheridium development and spermatogenesis in the Charophycean green alga, Chara. 2104, 1045-1056 (2009).
  24. Singh, B., Avci, U., Eichler Inwood, S. E. A specialized outer layer of the primary cell wall joins elongating cotton fibers into tissue-like bundles. Plant Physiol. 150, 684-699 (2009).
  25. Øbro, J., Sørensen, I., Derkx, P., et al. High-throughput screening of Erwinia chrysanthemi pectin methylesterase variants using carbohydrate microarrays. Proteomics. 9, 1861-1868 (2009).

Comments

0 Comments


    Post a Question / Comment / Request

    You must be signed in to post a comment. Please or create an account.

    Video Stats