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ハイスループットSHAPEを使用したRNA二次構造予測

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Biology

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RNA Secondary Structure Prediction Using High-throughput SHAPE

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ハイスループットSHAPEを使用したRNA二次構造予測

DOI:

10.3791/50243-v

•

13:42 min

•

May 31, 2013

•

Sabrina Lusvarghi*¹, Joanna Sztuba-Solinska*¹, Katarzyna J. Purzycka, Jason W. Rausch, Stuart F.J. Le Grice

¹RT Biochemistry Section, HIV Drug Resistance Program,Frederick National Laboratory for Cancer Research

Chapters

00:05Title
01:40RNA Folding
03:09Chemical Modification of the RNA
04:33Reverse Transcription
07:08Preparation of Sequencing Ladder and Capillary Electrophoresis
09:55ShapeFinder Software
11:15Data Normalization
11:51Results: RNA Structure Determination using RNA Structure Software
12:53Conclusion

Summary

Automatic Translation

プライマー伸長により解析し、高スループット選択2 'ヒドロキシルアシル化（SHAPE）数百から一塩基の解像度で数千ヌクレオチドRNAの構造を決定するための技術が、逆転写、キャピラリー電気泳動および二次構造予測ソフトウェアをプロービングする新規化学物質を利用しています。

Tags

RNA Secondary Structure High-throughput SHAPE Chemical Probing Reverse Transcription Capillary Electrophoresis ShapeFinder RNAStructure In Silico Prediction Single Nucleotide Resolution

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