Här presenterar vi ett kombinatoriskt tillvägagångssätt för att klassificera neuronala celltyper före isolering och för efterföljande karaktärisering av enkelcellstransskriptomer. Detta protokoll optimerar beredningen av prover för framgångsrik RNA-sekvensering (RNA-Seq) och beskriver en metod som är utformad speciellt för ökad förståelse av celldiversitet.