Her præsenterer vi en kombinatorisk tilgang til klassificering af neuronelle celletyper forud for isolation og til den efterfølgende karakterisering af enkeltcelletranscriptomer. Denne protokol optimerer forberedelsen af prøver til vellykket RNA-sekventering (RNA-Seq) og beskriver en metodologi, der er designet specielt til forbedret forståelse af cellemangfoldighed.