Här presenterar vi ett protokoll för att kvantifiera folliklar i odlade äggstockarna av unga möss utan seriell sektionering. Använda hela orgel immunofluorescens och vävnad clearing, ersätts fysiska snittning med optisk snittning. Denna metod för provberedning och visualisering underhåller orgel integritet och underlättar automatiserade kvantifiering av specifika celler.