التلقائي القائم علي الصورة الكمية من الفخاخ العدلات خارج الخلية باستخدام NETQUANT

هنا نقدم NETQUANT ، وهو نهج مؤتمتة بالكامل لقياس ناموسيات وصور المناعة. وهذا من شأنه أن يساعد الباحثين في إجراء تحليل صور قابلة للمقارنة من البيانات التي تم إنشاؤها من قبل العديد من المستخدمين والظروف. مزايا هذه التقنية هي سهولة الاستخدام ، وتحليل البيانات أحادي الخلية ، ومعايير متعددة لتقييم تشكيل الشبكة ، وتحليل غير متحيز لصور متعددة.

تثبيت برنامج التحليل وفتحه. يمكن العثور على نسخة محدثة على أرشيف زينودو جيثب، أو موقع مختبر نوردونفلت. في علامة التبويب الإعداد، اختر مجلد مصدر للتحليل بالنقر فوق خيار الحصول على مسار في القائمة المصدر.

حدد المجلد الذي يحتوي على تسلسلات الصور ليتم تحليلها. مرة أخرى، انقر فوق خيار الحصول على مسار في القائمة الهدف، وحدد المجلد الهدف لحفظ البيانات التالية تحليل الصورة. بعد ذلك، عند استخدام صور قناة منفصلة، قم بتسمية مجلدات القناة بحيث تتوافق قناة الحمض النووي مع وصمة الحمض النووي، وتصور قناة NET وصمة العدلات في الصور.

أيضاً، اسم المجلد الذي يحتوي على ملفات صورة عنصر التحكم كـ عنصر تحكم. بعد ذلك، انقر فوق زر معلومات تحميل الصورة وتحميل البيانات الوصفية للصورة في البرنامج. ثم في القائمة الفرعية لترتيب القناة، حدد ترتيب القناة الصحيح الوارد في الصور.

يساعد هذا على منع عدم التطابق العرضي. الآن انقر على زر إعداد البيانات للحصول على خصائص الصورة الأساسية من البيانات الخام وتحويل الصور. ثم تظهر الصور المحولة في القائمة الفرعية لأنواع العينات.

انقر على قائمة نوع العينة، وحدد صورة من القائمة الفرعية وانقر على بيانات صورة العرض لعرض الصور انقسمت إلى الحمض النووي و العدلات خارج الخلية، أو قناة NET، على التوالي. لتقسيم الخلايا في قنواتها الخاصة، حدد علامة التبويب طريقة التجزئة، وحدد أسلوب في القائمة الفرعية للأسلوب لكل من قنوات الـ DNA و NET. يتم تعيين الأسلوب الافتراضي للتجزئة إلى التكيفية وهو الإعداد المستحسن.

خيارات أخرى متاحة في البرنامج بما في ذلك حافة العالمية وsys.s. كما تم إدراج خيار مستجمعات المياه للمساعدة في التمييز بين الخلايا الموجودة بشكل وثيق أو الخلايا NETs. أيضا في علامة التبويب تجزئة، انقر على عينة عنصر تحكم المقطع الخيار.

ثم حدد PMA من نوع القائمة الفرعية للنموذج وانقر على خيار الدفعة لبدء تجزئة جميع الصور المدرجة في مجموعة البيانات. بعد ذلك ، حدد الصور في قائمة نوع العينة وانقر على زر بيانات صورة العرض لتصور والتحقق من صحة أقنعة الصور الثنائية لكل من أقنعة الحمض النووي وNET التي تم إنشاؤها بعد التجزئة. الآن، في علامة التبويب التحليل، انقر على زر تحديد عتبة لتحليل عينات التحكم.

ثم، على الجانب الأيمن، تغيير نوع العينة إلى PMA وانقر فوق الزر الحصول على خصائص الخلية لإكمال تحليل العينات حفز. بعد ذلك، حدد صورة من القائمة الفرعية لنوع العينة وانقر على زر بيانات صورة العرض لعرض التراكب وعدد الخلايا والخلايا تشكيل الشبكة في الصورة. تبدأ بتحديد العينة من القائمة الفرعية لنوع العينة.

يمكن اختيار الصور الفردية من القائمة الفرعية لنوع العينة للتحليل أو يمكن تحليل مجموعة كاملة من الصور عن طريق تحديد خيار الدفعة. بمجرد تحديد، انقر على زر تحليل NETs لإكمال التحليل. ضبط معايير NET يدويًا للحصول على نتائج مثالية لعينة معينة.

قارن بين NETs المحددة مع الصور الأصلية لتقييم جودة التعريف. بمجرد الانتهاء من هذه الخطوة، يمكن تطبيق معايير NET عبر كافة الصور في مجموعة البيانات. يتم أيضاً تطبيق أية تغييرات يتم إجراؤها على معايير NET في نفس الوقت على كافة نماذج التحكم.

فحص ملخص البيانات في القائمة الفرعية لبيانات الخلية، حيث يتم عرض عدد الصور وعدد الخلايا لكل صورة والنسبة المئوية لـ NETs لكل صورة. أدخل علامة التبويب الإخراج لتحديد مخرجات النتائج وعرضها. استكشاف ومقارنة مختلف مخرجات البيانات الناتجة عن تحليل السيطرة وعينات PMA المعالجة عن طريق اختيار شكل الإخراج والنقر على زر نتائج المخرجات.

بعد ذلك، قم بتشغيل ملف جدول بيانات النتائج CSV لاستكشاف بيانات الخلية الواحدة وانقر على ملفات PDF النتائج لتصور توزيع منطقة NET ونسبة الحمض النووي إلى NET في العينات. يشير الخط الأحمر إلى قيمة العتبة في الرسومات البيانية. وأخيرا، انقر على نتائج ملف توزيع ثنائي المتغيرات لتحديد منطقة NET مقابل شكل الحمض النووي.

هنا، تم تحليل 15 صورة من العدلات التحكم و 15 صورة من العدلات حفز PMA في أقل من عشر دقائق. تم حساب العدد الإجمالي للخلايا وتم تحديد النسبة المئوية للخلايا ذات الفخاخ العدلية خارج الخلية باستخدام طريقة القياس الكمي الآلي الموضحة في هذه المقالة. وتبين هذه النتائج أن العدلات التي تحفزها PMA لديها مساحة أكبر، وزيادة في التشوه النووي، ونسبة أعلى من الحمض النووي إلى الشبكة من عينات التحكم.

عندما يتم دمجها في رسم بياني ثلاثي الأبعاد، تميل العينات المحفزة لـ PMA إلى إظهار مناطق التجمعات المُحكمة من عينات التحكم. أثناء محاولة الإجراء، من المهم أن نتذكر أنه على الرغم من أن تم اختبار سير العمل باستخدام جهات مانحة متعددة، فمن المستحسن أن يقرر المستخدم على معلمات البرنامج بشكل مناسب استناداً إلى مجموعة البيانات الفردية.