هنا، يتم تقديم بروتوكول لاستخراج بصريا وفهرسة التوقيعات الفلورية الخلوية الفطرية (أي، autofluorescence الخلوية) من كل خلية حية الفردية الموزعة في الفضاء ثلاثي الأبعاد. هذه الطريقة مناسبة لدراسة التوقيع الفلوري الفطري للأنظمة البيولوجية المتنوعة بدقة خلية واحدة ، بما في ذلك خلايا من البكتيريا والفطريات والخمائر والنباتات والحيوانات.