Здесь представлен протокол для оптического извлечения и каталогизации врожденных клеточных флуоресцентных сигнатур (т.е. клеточной автофлуоресценции) от каждой отдельной живой клетки, распределенной в трехмерном пространстве. Этот метод подходит для изучения врожденной флуоресцентной сигнатуры различных биологических систем с одноклеточным разрешением, включая клетки бактерий, грибов, дрожжей, растений и животных.