Här presenteras ett protokoll för optiskt extraherande och katalogisering av medfödda cellulära fluorescenssignaturer (dvs. cellulär autofluorescens) från varje enskild levande cell som distribueras i ett tredimensionellt utrymme. Denna metod är lämplig för att studera den medfödda fluorescenssignaturen hos olika biologiska system vid en encellig upplösning, inklusive celler från bakterier, svampar, jäst, växter och djur.