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Mapeamento de alta resolução de interações proteína-DNA em neurônios derivados de células-tronco do rato usando Chromatin Immunoprecipitation-Exonuclease (ChIP-Exo)
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JoVE Journal Genetics
High-Resolution Mapping of Protein-DNA Interactions in Mouse Stem Cell-Derived Neurons using Chromatin Immunoprecipitation-Exonuclease (ChIP-Exo)

Mapeamento de alta resolução de interações proteína-DNA em neurônios derivados de células-tronco do rato usando Chromatin Immunoprecipitation-Exonuclease (ChIP-Exo)

DOI:
10.3791/61124-v

•

08:40 min

•

August 14, 2020

•

,
1Department of Cell and Systems Biology,University of Toronto, 2Department of Biology,University of Toronto

Chapters

  • 00:05Introduction
  • 00:21Antibody Incubation with Beads
  • 01:35Chromatin Immunoprecipitation (ChIP)
  • 02:56Enzymatic Reactions on Beads
  • 04:59Elution and Purification
  • 05:43Library Preparation
  • 06:50Results: ChIP-exo Produces High Mapping Resolution
  • 08:04Conclusion

Summary

Automatic Translation

Automatic Translation

A determinação precisa de locais de ligação de proteínas em todo o genoma é importante para entender a regulação genética. Aqui descrevemos um método de mapeamento genômico que trata DNA cromatina-imunoprecipitado com digestão exonuclease (ChIP-exo) seguido de sequenciamento de alta produtividade. Este método detecta interações proteína-DNA com resolução de mapeamento quase par de bases e alta relação sinal-ruído em neurônios mamíferos.

Tags

ChIP-exoProtein-DNA InteractionsChromatin ImmunoprecipitationHigh-resolution MappingMouse Stem Cell-derived NeuronsMagnetic BeadsBlocking SolutionIslet-1 AntibodySonicated LysatesWash BufferEnd Prep Reaction MixEnd Prep Enzyme Mix

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