Summary

Flux de travail quantitatif protéomique sans étiquette pour les interactions hôte-pathogène axées sur la découverte

Published: October 20, 2020
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Summary

Ici, nous présentons un protocole pour profiler l’interaction entre l’hôte et l’agent pathogène pendant l’infection par protéomique basée sur la spectrométrie de masse. Ce protocole utilise une quantification sans étiquette pour mesurer les changements dans l’abondance des protéines de l’hôte (p. ex., macrophages) et de l’agent pathogène (p. ex., cryptococcus néoformans)en une seule expérience.

Abstract

Les réalisations technologiques de la protéomique quantitative basée sur la spectrométrie de masse (SP) ouvrent de nombreuses voies inconnues pour analyser le protéome global d’un organisme dans des conditions variables. Cette stratégie puissante appliquée aux interactions des pathogènes microbiens avec l’hôte désiré caractérise globalement les deux perspectives vers l’infection. Dans ce cas, le flux de travail décrit la quantification sans étiquette (LFQ) de l’infectome des néoformans Cryptococcus, un pathogène intracellulaire fongique qui est l’agent causal de la cryptococcose mortelle de la maladie, en présence de cellules macrophages immortalisées. Le protocole détaille les techniques appropriées de préparation des protéines pour les cellules pathogènes et mammifères au cours d’une seule expérience, ce qui donne lieu à une soumission appropriée de peptides pour l’analyse liquide-chromatographie (LC)-MS/SP. La nature générique à haut débit de LFQ permet une large gamme dynamique d’identification et de quantification des protéines, ainsi que la transférabilité à n’importe quel paramètre d’infection hôte-pathogène, maintenant une sensibilité extrême. La méthode est optimisée pour cataloguer des profils étendus et impartiaux d’abondance de protéines d’un agent pathogène dans des conditions imitant l’infection. Plus précisément, la méthode démontrée ici fournit des informations essentielles sur la pathogénie c. néoformans, telles que la production de protéines nécessaires à la virulence et identifie les protéines hôtes critiques répondant à l’invasion microbienne.

Introduction

La prévalence des infections fongiques invasives augmente considérablement et est corrélée avec des taux de mortalité inacceptablement élevés, le plus souvent signalés chez les personnes ayant des prédispositions immunodéficientes1. Cryptococcus neoformans est un pathogène fongique opportuniste notoire capable de survie intracellulaire dans les cellules macrophages hôtes. L’intervention antifongique inadéquate a comme résultat la diffusion fongique et les manifestations représentant un danger pour la vie de la méningite cryptococcique et de la méningoencéphalite2,3. L’augmentation mondiale du statut immunocompromisé a exigé une augmentation parallèle de l’utilisation d’agents antifongiques, dans laquelle de nombreuses espèces fongiques, y compris les néoformans C. ont de plus en plus évolué résistance vers4,5,6. Par conséquent, il est impératif de mettre en œuvre des technologies robustes et efficaces pour répondre aux questions biologiques vitales concernant la réponse de la défense de l’hôte et la pathogénie microbienne.

La nouvelle ère du progrès technologique en spectrométrie de masse (SP), y compris la génération de puissants pipelines informatiques et bioinformatiques, fournit les bases d’une vision intégrative pour l’analyse à grande échelle de la recherche sur les pathogèneshôtes 7,8. L’analyse protéomique conventionnelle axée sur la pathogénie dresse généralement le portrait de l’infection du point de vue de l’hôte ou de l’agent pathogène, y compris des méthodologies complètes telles que le profilage de corrélation protéique, la chromatographie par affinité combinée à la protéomique et l’interactomique9. Les études sur la virulence des agents pathogènes dangereux dans un système hôte sont d’une immense importance clinique; toutefois, l’application d’une analyse à double perspective dans une seule expérience était autrefois considérée comme inaccessible. Par exemple, la perspective de l’agent pathogène à l’égard de l’infection est souvent submergée par des protéines hôtes très abondantes, ce qui réduit la sensibilité à la détection de protéines fongiquesfaiblement abondantes 7. En outre, la grande complexité de l’échantillon invite de nombreuses cibles à étudier dans un seul système expérimental et s’avère difficile à élucider les mécanismes d’action pour une protéine pathogène spécifique.

La protéomique ascendante est une technique populaire de SP qui permet une préparation gérable de l’échantillon, dans laquelle les peptides sont générés par digestion enzymatique spécifique à la séquence suivie d’une séparation, d’une identification et d’une quantification de la chromatographie liquide par MS10,11. Ici, nous présentons une méthode démontrant une stratégie d’acquisition dépendante des données visant à atteindre une couverture impartiale d’un protéome ou d’un « infectome » basé sur l’infection. Plus précisément, la quantification sans étiquette (LFQ) réduit la dépendance à l’égard des étiquettes chimiques ou métaboliques pour une identification robuste et précise des changements de niveau de protéines à travers de multiples protéomes, réduisant ainsi les étapes de manipulation et de traitementdes échantillons 12,13. Cette application universelle interroge les protéines produites à un moment donné au sein d’une cellule indépendante de toute production de protéines attendue; ainsi, de nouvelles idées peuvent être découvertes qui sont critiques à l’infection.

Le flux de travail décrit ci-après est optimisé pour explorer les changements de niveau de protéines des néoformans C. pendant les conditions d’imitation de l’infection avec les cellules immunitaires hôtes ( figure1). Plutôt que de s’appuyer sur l’isolement et la séparation des types de cellules, cette approche extrait ensemble le protéome de l’hôte et de l’agent pathogène, et utilise la séparation bioinformatique à l’aide de deux bases de données spécifiques à l’organisme pour distinguer la production de protéines propres à chaque espèce. Cette méthode offre des avantages pour un nombre illimité d’échantillons à traiter sans les étapes de préparation supplémentaires coûteuses nécessaires dans les études d’étiquetage à base d’isotopes ou la fractionnement. En outre, ce flux de travail prend en charge des protocoles optimisés d’extraction de protéines transférables à un large éventail d’agents pathogènes fongiques et bactériens capables de cibler et d’infecter les cellules immunitaires hôtes. Dans l’ensemble, ce protocole décrit les étapes à suivre pour effectuer une extraction impartiale des protéines et le traitement de l’échantillon pour la SP à haute résolution, suivi de données et d’analyses statistiques, capables de fournir une mine de connaissances sur les protéines fongiques importantes pour l’infection combinées à un profilage complet de la réponse de la défense de l’hôte.

Protocol

Une lignée immortalisée de macrophages dérivés de souris BALB/c a été utilisée pour le protocole suivant approuvé par le Protocole d’utilisation des animaux 4193 de l’Université de Guelph. Notamment, d’autres souches de souris ou d’autres sources de cellules immortalisées peuvent être appliquées au protocole décrit avec des tests suffisants pour optimiser les paramètres détaillés. Le protocole suivant naviguera dans les étapes commençant par un flacon gelé de cellules macrophages. Les cellules …

Representative Results

Le protocole décrit ci-dessus permet l’identification et la quantification des protéines dérivées à la fois de l’agent pathogène fongique, C. neoformans,et de l’hôte, les cellules macrophages, en une seule expérience. Après la co-culture, les cellules sont collectées et traitées ensemble et séparées bioinformatiquement à partir de profils peptidiques spécifiques à chaque espèce. Il s’agit d’une approche puissante pour définir l’interaction de la relation hôte-pathogène pendant l?…

Discussion

Les étapes critiques du protocole comprennent la préparation des cellules macrophages et la collecte d’échantillons de co-culture pour le traitement des protéines avec une perturbation minimale des cellules. Il est important d’effectuer des étapes de lavage, d’inoculation et d’élimination des cellules macrophages adhérentes doucement et soigneusement pour prévenir la lyse inutile des cellules avant la collecte. Il est également essentiel d’établir le moi correct pour l’expérience, car l’inocculat…

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

Les auteurs remercient le Dr Jonathan Krieger de Bioinformatics Solutions Inc. d’avoir exploité le spectromètre de masse pour des expériences représentatives, ainsi que les membres du groupe Geddes-McAlister pour leur aide à la mise en place expérimentale et à la rétroaction manuscrite. Les auteurs reconnaissent le soutien financier, en partie, de la Banting Research Foundation – The Jarislowsky Fellowship Discovery Award, New Frontiers Research Fund – Exploration (NFRFE-2019-00425), et de la Fondation canadienne pour l’innovation (JELF 38798) pour J.G.M., ainsi que de la Bourse d’études supérieures du CRSN Canada – Maîtrise et bourse d’études supérieures de l’Ontario pour B.B., et bourse d’études supérieures Queen Elizabeth II en sciences et technologie pour les A.S.

Materials

100 mM Tris-HCl, pH 8.5 Fisher Scientific BP152-1 Maintain at 4°C
60 x 15 mm Dish, Nunclon Delta ThermoFisher Scientific 174888
6-well cell culture plate ThermoFisher Scientific 140675
Acetonitrile, MS grade Pierce TS-51101
Acetic Acid Sigma Aldrich 1099510001
Acetone Sigma Aldrich 34850-1L
Ammonium bicarbonate (ABC) ThermoFisher Scientific A643-500 Prepare a stock 50 mM ABC solution, stable at room temperature for up to one month.
Bel-Art™ HiFlow Vacuum Aspirator Collection System Fisher Scientific 13-717-300 Not essential, serological pipettes can be used to remove media.
C18 resin 3M Empore 3M2215
Cell Scrapers VWR 10062-906 Not essential, other methods to release macrophage cells can be used.
Centrifugal vaccuum concentrator Eppendorf 07-748-15
Complete Filtration Unit VWR 10040-436
Conical falcon tubes (15 mL) Fisher Scientific 05-539-12
Countess II Automated Cell Counter ThermoFisher Scientific AMQAX1000 Not essential, haemocytometer can be used as an alternative.
CytoTox 96 Non-Radioactive Cytotoxicity Assay Promega G1780
Dithiothreitol (DTT) ThermoFisher Scientific R0861 Prepare bulk stock solution of 1 M DTT, flash frozen and stored at -20 °C until use. Discard after each use (do not freeze-thaw repeatedly).
DMEM, high glucose, GlutaMAX Supplement ThermoFisher Scientific 10566016
Fetal Bovine Serum (FBS) ThermoFisher Scientific 12483020 Heat inactivate by incubating at 60°C for 30 minutes. Prepare 50 ml aliquots and flash freeze. Thaw prior to media preparation
Haemocytometer VWR 15170-208
HEPES Sigma Aldrich H3375 Prepare 40 mM HEPES/8 M Urea in bulk stock solution, flash frozen, store at -20°C until use. Discard after each use (do not freeze-thaw repeatedly).
High-performance liquid chromatography system ThermoFisher Scientific LC140 Gradient length is based on sample complexity, recommended 120 min gradient for infectome samples.
High-resolution mass spectrometer ThermoFisher Scientific 726042
Iodoacetamide (IAA) Sigma Aldrich I6125 Prepare 0.55 M bulk stock solution, flash frozen, store at -20°C until use. Discard after each use (do not freeze-thaw repeatedly).
L-glutamine ThermoFisher Scientific 25030081 Can be aliquot and frozen for storage. Thaw prior to media preparation.
LoBind Microcentrifuge tubes Eppendorf 13-698-794
MaxQuant https://maxquant.org/ MaxQuant is a public platform that offers tutorials, such as the MaxQuant Summer School, outlining the computational analysis steps of large MS data sets
Microcentrifuge Eppendorf 13864457
Penicillin : Streptomycin 10k/10k VWR CA12001-692 Can be aliquot and frozen for storage. Thaw prior to media preparation.
Peptide separation columns ThermoFisher Scientific ES803
Perseus Software http://maxquant.net/perseus/
Phosphate Buffered Saline VWR CA12001-676 Puchase not required. PBS can also be prepared but sterile filteration must be performed before use.
Pierce BCA Protein Assay ThermoFisher Scientific  23225
Pipette, Disposable Serological (10 mL) Fisher Scientific 13-678-11E
Pipette, Disposable Serological (25 mL) Basix Fisher Scientific 14955235
Probe sonciator ThermoFisher Scientific 100-132-894
Protease inhibitor cocktail tablet Roche 4693159001
Sodium dodecyl sulfate ThermoFisher Scientific 28364 20% (w/v)
Spectrophotometer (Nanodrop) ThermoFisher Scientific ND-2000
STAGE tipping centrifuge Sonation STC-V2
Thermal Shaker VWR NO89232-908
Trifluoroacetic acid ThermoFisher Scientific 85183
Trypsin/Lys-C protease mix, MS grade Pierce A40007 Maintain at -20 °C.
Ultrasonic bath Bransonic A89375-450 Stored in cold room (4C)
Urea Sigma Aldrich U1250-1KG Prepare 40 mM HEPES/8 M Urea in bulk stock solution, flash frozen, store at -20 °C until use. Discard after each use (do not freeze-thaw repeatedly).
Yeast-extract peptone dextrose broth BD Difco BM20

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Cite This Article
Ball, B., Sukumaran, A., Geddes-McAlister, J. Label-Free Quantitative Proteomics Workflow for Discovery-Driven Host-Pathogen Interactions. J. Vis. Exp. (164), e61881, doi:10.3791/61881 (2020).

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