Affinitetsrening av märkta proteiner i kombination med masspektrometri (truppminor) är en kraftfull metod för systematisk kartläggning av nätverk proteininteraktioner och för undersökning av mekanistiska grunden för biologiska processer. Här beskriver vi en optimerad sekventiell peptid affinitet (SPA) truppminor förfarande utvecklats för bakterien<em> Escherichia coli</em> Som kan användas för att isolera och karakterisera stabila flera proteinkomplex till nära homogenitet även från låga kopieantal per cell.