Denne protokol viser en metode til at udføre kvantitativ, encellede in situ analyse af proteinekspression at studere afstamning specifikation i mus præimplantations embryoer. De procedurer, der er nødvendige til indsamling af blastocyster, hel-mount immunofluorescent påvisning af proteiner, er billeddannelse af prøver på en konfokal mikroskop, og nuklear segmentering og billedanalyse beskrevet.