Usines de transcriptionnelles virales sont des structures discrètes qui sont enrichis de RNA polymérase cellulaire II pour augmenter la transcription de gènes viraux durant la réactivation. Ici, on décrit une méthode pour localiser les sites de la retranscription activement chromatine virale dans un espace 3D nucléaire par une combinaison de l’hybridation d’immunofluorescence souillant et in situ de RNA.