Viral transkriptionell fabriker är diskreta strukturer som är berikad med cellulära RNA-polymeras II att öka viral gentranskription under reaktivering. Här beskrivs en metod för att hitta platser att aktivt transkribera viral kromatin i 3D kärn-rymden genom en kombination av immunofluorescens färgning och i situ RNA hybridisering.