Viral transcriptional fabrikker er diskrete strukturer, der er beriget med cellulære RNA polymerase II at øge virale gen transskription under genaktivering. Her, er en metode til at finde websteder af aktivt transskribere viral kromatin i 3D nukleare plads ved en kombination af immunofluorescens farvning og i situ RNA hybridisering beskrevet.