Genetics
This content is Free Access.
The JoVE video player is compatible with HTML5 and Adobe Flash. Older browsers that do not support HTML5 and the H.264 video codec will still use a Flash-based video player. We recommend downloading the newest version of Flash here, but we support all versions 10 and above.
If that doesn't help, please let us know.
Быстрая изоляция диких нематод воронкой Baermann
Chapters
Summary January 31st, 2022
Please note that all translations are automatically generated.
Click here for the English version.
Этот протокол описывает метод эффективного извлечения живых нематод из природных субстратов в полевых условиях.
Transcript
Caenorhabditis nematodes – это настоящие животные, которые живут в природе. Сбор диких нематод позволяет изучать гены и геномы в их естественном контексте, выявляя функции, которые могут быть скрыты искусственными условиями лаборатории. Этот метод извлекает червей из богатых бактериями органических субстратов в поле и создает чистые культуры на чашках Петри, захватывая снимок каждой популяции в то время, когда она была собрана.
Эти популяции хорошо подходят для вопросов экологии, популяционной генетики или метагенетики. Дикие штаммовые культуры также ценны для количественных генетических исследований. Эта техника проста и удобна в исполнении даже для новичка в полевых исследованиях.
Однако успешная коллекционная поездка, требует вдумчивой подготовки материалов, перед поездкой. Определите богатый бактериями субстрат в поле, такой как гниющие фрукты, цветы, грибы, стебли травянистых растений, почва или опавшие листья. Поместите небольшой объем подложки в маркированный полиэтиленовый пакет.
Если гниющий материал редко встречается в интересующей полевой стороне, поместите некоторые фрукты в качестве приманки. Оставьте его раскачиваться, а затем извлеките его и любых червей, которые колонизировали его. Запишите идентификатор образца, широту, долготу, дату и описание субстрата.
Запишите любые другие локальные измерения окружающей среды, имеющие отношение к эксперименту, такие как температура окружающей среды и субстрата, состояние субстрата, время сбора и наличие макробеспозвоночных, связанных с субстратом. Используйте ножницы, чтобы вырезать трехсантиметровый сегмент резиновой трубки из каждой воронки. Установите трубку на конец пластиковой воронки.
Сдвиньте зажим трубки на резиновую трубку и зажмите ее. Чтобы сделать воронку держателя, вырежьте круглые отверстия, в центре развернутого картона мухи мерзкого лотка. Переверните картон, сложите стороны вверх один раз и скрепите их вместе.
Это создаст ножки, которые поднимут отверстия над скамейкой. Убедитесь, что зажимы трубки находятся в закрытом положении, и поместите воронки в отверстия. Налейте стерильную воду в каждую воронку, заполнив ее примерно на три сантиметра ниже края.
Нажмите на воронку, чтобы выпустить любые захваченные пузырьки воздуха в трубке. Сложите безворсовую салфетку пополам, чтобы сделать квадрат, и поместите ее над воронкой. Затем нажмите на салфетку, чтобы погрузить ее в воду.
Вручную разбейте любые крупные твердые куски натуральной подложки. Аккуратно поместите часть образца на салфетку в воронке. Убедитесь, что вы не прокололи салфетку или не оставили какой-либо образец выступающим над ободом.
Аккуратно сложите углы салфетки над образцом, чтобы вода не стекала, через край воронки. Пометьте воронку идентификатором образца, соответствующим заметкам о коллекции полей. Выделите любых активных насекомых или других животных, которые могут путешествовать и перекрестно загрязнять образцы.
Добавьте больше воды в каждую воронку, чтобы погрузить весь образец. Во время инкубации при комнатной температуре в течение ночи активные нематоды будут покачиваться через ткань и опускаться на дно воронки. Напишите идентификатор образца воронки, на дне шестисантиметровой пластины червя NGM, сидящей с пятном бактерий OP50 E.coli.
Снимите крышку с тарелки, снимите воронку, содержащую образец, с подставки для воронки и держите ее вертикально, над открытой червячной пластиной, одной рукой. Снимите давление на зажим трубки другой рукой и дайте одной или двум каплям воды упасть из трубки на червячную пластину рядом с бактериальным газоном. Как только вода упадет из воронки, быстро зажмите ее снова, чтобы предотвратить затопление плиты NGM.
Для очистки выбросьте содержимое воронок, и промойте их горячей водой, для последующего повторного использования. Наблюдайте за изолированными нематодами под стереомикроскопом. В дополнение к нематодам, иногда будут небольшие, олиго-китовые кольчатые черви, тихоходки, коловратки и мелкие ракообразные.
Чтобы установить гермафродит ISO или женские линии ISO, перенесите каждый гермафродит L4 или спаренную взрослую самку на отдельную 3,5-сантиметровую пластину NGM, сидящую с OP50. Стерилизуйте червячок до и после каждой передачи. Наконец, тщательно оберните тарелки для путешествий парафиновой пленкой.
На острове Барро Колорадо Панама в 2018 году этим методом был обработан 131 субстрат. 99% из которых дали нематоды. 34% дали Caenorhabditis нематод.
В Чернобыльской зоне отчуждения Украины в 2019 году этим методом было обработано 170 субстратов. 56% из которых дали нематоды, ни одна из которых не была Caenorhabditis. Этот метод работает, потому что нематоды плавают через салфетку.
но субстрат и другие животные остаются на вершине. Многие аспекты протокола могут быть изменены, чтобы использовать любые ресурсы, доступные в полевых условиях. Образцы, собранные с использованием этого метода, позволяют исследователям решать широкий спектр вопросов популяционной биологии в установленных культурах для последующих лабораторных исследований.
Related Videos
You might already have access to this content!
Please enter your Institution or Company email below to check.
has access to
Please create a free JoVE account to get access
Login to access JoVE
Please login to your JoVE account to get access
We use/store this info to ensure you have proper access and that your account is secure. We may use this info to send you notifications about your account, your institutional access, and/or other related products. To learn more about our GDPR policies click here.
If you want more info regarding data storage, please contact gdpr@jove.com.
Please enter your email address so we may send you a link to reset your password.
We use/store this info to ensure you have proper access and that your account is secure. We may use this info to send you notifications about your account, your institutional access, and/or other related products. To learn more about our GDPR policies click here.
If you want more info regarding data storage, please contact gdpr@jove.com.
Your JoVE Unlimited Free Trial
Fill the form to request your free trial.
We use/store this info to ensure you have proper access and that your account is secure. We may use this info to send you notifications about your account, your institutional access, and/or other related products. To learn more about our GDPR policies click here.
If you want more info regarding data storage, please contact gdpr@jove.com.
Thank You!
A JoVE representative will be in touch with you shortly.
Thank You!
You have already requested a trial and a JoVE representative will be in touch with you shortly. If you need immediate assistance, please email us at subscriptions@jove.com.
Thank You!
Please enjoy a free 2-hour trial. In order to begin, please login.
Thank You!
You have unlocked a 2-hour free trial now. All JoVE videos and articles can be accessed for free.
To get started, a verification email has been sent to email@institution.com. Please follow the link in the email to activate your free trial account. If you do not see the message in your inbox, please check your "Spam" folder.
