Los factores de transcripción específicos del tejido contribuyen a diversas funciones celulares en los mamíferos. Por ejemplo, el gen de la beta globina, un componente importante de la hemoglobina, está presente en todas las células del cuerpo. Sin embargo, sólo se expresa en los glóbulos rojos porque los factores de transcripción que pueden unirse a las secuencias promotoras del gen de la beta globina sólo se expresan en estas células. Los factores de transcripción específicos del tejido también garantizan que las mutaciones en estos factores pueden afectar solo a la función de ciertos tejidos o partes del cuerpo sin afectar a todo el organismo.
Una capa adicional de complejidad se añade por factores de transcripción en eucariotas que ejercen el control combinatorio. Eso significa que la información proporcionada por varios factores de transcripción regula sincrónicamente la expresión de un solo gen. La combinación de varios activadores y represores transcripcionales permite que un gen se regule diferencialmente y se adapte a una variedad de cambios ambientales sin necesidad de genes adicionales.
