Los árboles filogenéticos vienen en muchas formas. Es importante la secuencia en la que los organismos están dispuestos, desde la parte inferior hasta la parte superior del árbol, pero las ramas pueden girar en sus nodos sin alterar la información. Las líneas que conectan los nodos individuales pueden ser rectas, en ángulo o incluso curvas.
La longitud de las ramas puede representar el tiempo o la cantidad relativa de cambio entre los organismos. Por ejemplo, la longitud de la rama podría indicar el número de cambios de aminoácidos en la secuencia que subyace al árbol filogenético. El significado exacto debe mostrarse claramente en una leyenda que acompaña al árbol filogenético. Si dicha leyenda no está presente, la longitud de la rama es arbitraria y el lector no debe inferir ninguna información.
Los árboles pueden tener o no una raíz. El árbol no tiene raíces si se desconoce el ancestro común más reciente de todos los organismos de interés. En este caso, la representación de las relaciones filogenéticas se asemeja a un copo de nieve, no a un árbol. El científico puede enraizar el árbol incluyendo un grupo externo en el análisis. Un grupo externo es un organismo que no está estrechamente relacionado con ninguno de los organismos que el científico desea organizar en el árbol.
