Summary
وهناك طريقة سريعة وبسيطة لتوليد خطوط الخلايا البشرية مع محرض و overexpression [كدنا] أو عكسها shRNA بوساطة ضرب أسفل من الجينات في المصالح. هذه الطريقة تمكن الباحثين من خطوط الخلايا موثوق للغاية والتلاعب بتكاثر التي يصعب تغيير بالطرق التقليدية ترنسفكأيشن عابرة أو ضربة قاضية استراتيجيات / خروج المغلوب.
Abstract
A نهج الرئيسية في مجال بيولوجيا الخلية الثديية هو التلاعب في التعبير عن الجينات ذات الأهمية في خطوط الخلايا المحددة، وذلك بهدف الكشف عن واحد أو عدة من وظيفة الجين (ق) باستخدام overexpression عابر / مستقر أو ضربة قاضية من الجين من الفائدة. للأسف، لإجراء تحقيقات الخلية البيولوجية المختلفة هذا النهج غير مناسب عندما تلاعب بنتيجة التعبير الجيني في النمو العيوب / تكاثر الخلايا غير المرغوب فيها أو تمايز الخلايا. ولذلك، تكيفت الباحثون بروتين التتراسيكلين كاظمة (TetR)، المأخوذ من E. القولونية المقاومة التتراسيكلين OPERON 1، لتوليد نظم تنظيمية فعالة جدا وضيقة للتعبير عن cDNAs في خلايا الثدييات 2،3. وباختصار، تم تعديل TetR لبدء إما كتلة (1) من النسخ عن طريق الربط إلى تيت-المشغل (TO) في منطقة المروج إضافة إلى التتراسيكلين (وهو ما يسمى تيت حالا النظام) أو ربط (2) إلى TO في رانه غياب التتراسيكلين (وهو ما يسمى تيت على نظام) (الشكل 1). نظرا للإزعاج أن النظام تيت لمرة ويتطلب استمرار وجود التتراسيكلين (التي لديها نصف عمر حوالي 24 ساعة في الخلية الأنسجة ثقافة المتوسط) وتيت على نظام تم على نطاق واسع أكثر الأمثل، مما أدى إلى تطوير ضيق جدا ونظم فعالة لمكافحة ناقلات التعبير كما هو مستخدم هنا [كدنا].
بعد وقت قصير من إنشاء تدخل الحمض النووي الريبي (رني) لضربة قاضية الجينات في خلايا الثدييات 4، معربا ناقلات قصيرة دبوس الشعر الرناوات (shRNAs) وصفت تلك الوظيفة مشابهة جدا لsiRNAs 5-11. ومع ذلك، هذه النهج ضربة قاضية shRNA بوساطة لها نفس القيد عن استراتيجيات خروج المغلوب التقليدية، منذ استنفاد مستقرة ليس ممكنا عندما الجينات الأهداف ضرورية لبقاء الخلوية. للتغلب على هذا القيد، فان دي Wetering وآخرون 12 تعديل التعبير shRNA ناقلات pSUPER 5
هنا، نحن تصف طريقة لتوليد بكفاءة مستقرة الإنسان تيت على خطوط الخلايا التي تدفع إما موثوق overexpression محرض أو استنزاف الجين في المصالح. باستخدام هذه الطريقة، ونحن قد ولدت بنجاح تيت على خطوط الخلايا التي سهلت كثيرا من تحليل سلسلة MST / hMOB / NDR في الجسيم المركزي 13،14 15،16 إشارة وموت الخلايا المبرمج. في هذا التقرير، ونحن لدينا وصف ناقلات الاختيار، بالإضافة إلى وصف خطوتين متتاليتين التلاعب والتي هي ضرورية لتوليد بكفاءة الإنسان تيت على خطوط الخلايا (الشكل 2). وعلاوة على ذلك، إلى جانب وضع الخطوط العريضة لبروتوكول لتوليد تيت الإنسان على خطوط الخلايا، سوف نناقش الجوانب الحاسمة بشأن الإجراءات الفنية وتوصيف تيت على الخلايا.
Protocol
1. استنساخ pcDNA6_TetR_IRES_blast
- كما هو موضح في الشكل (3)، نفذ خلاصة جزئية للpcDNA6/TR بلازميد (V1025-20، إينفيتروجن) مع I تقييد الانزيمات وXba راس I لإزالة الجين TetR والمروج للمقاومة blasticidin (BlastR) الجينات. عزل ناقلات KB 4،6 جزء.
- لإزالة تذييل بعديد الأدينيلات تسلسل الجين من TetR، وإدخال من قبل PCR لI Xho الموقع فورا بعد كودون إيقاف من [كدنا] TetR مع المحافظة على موقع I Xba في 5'end من [كدنا]. Subclone جزء مما أدى إلى تقييد pMigR1 17 استخدام الإنزيمات وXba I I Xho لتوليد pMigR1_TetR البلازميد.
- هضم ناقلات pMigR1_TetR مع I تقييد الانزيمات Xba وأنا راس لاطلاق سراح جزء TetR_IRES. عزل إدراج جزء KB 1.25.
- Ligate قدره 4.6 كيلوبايت pcDNA6/TR و1،25 KB TetR_IRES شظايا. TRansform المنتج في ربط القولونية المختصة وتحديد المطلوب بناء pcDNA6_TetR_IRES_blast باستخدام معيار تقنيات البيولوجيا الجزيئية.
2. جيل من خطوط الخلايا ستابلي تعرب عن TetR
- في يوم 1، 1x10 6 خلايا البذور بنسبة 10 سم، نسيج لوحة الثقافة المتوسطة باستخدام معيار النمو الخاص بك (على سبيل المثال DMEM تستكمل مع FCS 10٪). البذور لوحين، واحدة للترنسفكأيشن مع pcDNA6_TetR_IRES_blast، والآخر كعنصر تحكم سلبية على اختيار blasticidin. ضمان استخدام أقل إمكانية انتقال والمتوسطة النمو الموصى بها.
- في يوم 2، لوحة واحدة مع بالنقل 2 ميكروغرام من pcDNA6_TetR_IRES_blast باستخدام باستخدام الدهن 6 (E2691، Promega) باتباع إرشادات الشركة المصنعة. لا بالنقل لوحة ثانية.
- في اليوم 3، إضافة معيار المتوسطة النمو تحتوي على 5 ميكروغرام / مل على كل من لوحات blasticidin. يرجى ملاحظة أن تركيز الاختيار الأمثل قد تختلف عن خط معين والخلايا قد نعيد يحدد مسبقا.
- في يوم 4، تقسيم الخلايا في 5/1، 1/25، 1/50 و 1/100 باستخدام 10-سم لوحات ومستوى النمو المتوسط تحتوي على 5 ملغ / مل blasticidin. تأكد بشكل صحيح لتسمية لوحات تحتوي على خلايا untransfected أو خلايا. إعداد صفيحتين في الخطوة التخفيف.
- تحقق الخلايا اليومية، وضمان أن جميع الخلايا على لوحات untransfected لقوا حتفهم خلال الأسبوع الأول. تغيير وسائل الاعلام اختيار كل 2-3 أيام.
- بعد 1-2 أسابيع، وينبغي blasticidin مقاومة المستعمرات تبدأ في الظهور. حدد لوحات تحتوي على 5 حتي 50 المستعمرات لضمان أن يمكن التقاطها المستعمرات واحد.
- عندما وصلت إلى المستعمرات قطر حوالي 5 مم (أو أكبر)، عزل لا يقل عن 12 استنساخ باستخدام اسطوانات مستقلة الاستنساخ لاختيار المستعمرات واحد. نقل كل نسخة منفصلة في بئر من لوحة زراعة الأنسجة 24 أيضا. عندما متموجة، وتقسيم الخلايا من كل بئر واحد في بئر لوحة زراعة الأنسجة 6 أيضا.
- تواصل CL الثقافةمنها في وسائل الإعلام التحديد. عندما متموجة، تقسيم الخلايا من كل بئر في بئرين واحد من لوحة زراعة الأنسجة 6 أيضا.
- ليتم اختبار كل استنساخ، تجميد بئر واحد من الخلايا والخلايا متموجة الحصاد في البئر الأخرى للاختبار اللاحقة التي immunoblotting.
- كشف TetR بواسطة الغربية النشاف باستخدام الماوس وحيدة النسيلة المضادة للأجسام المضادة TET02 (MoBiTec شركة محدودة). تذكر أن تشمل المحللة من خط الخلية الأبوية كعنصر تحكم سلبية.
- حدد 3 استنساخ مع التعبير أعلى TetR وتوسيع كل ثقافة نسيلي. تجميد أرصدة كل استنساخ واعدة في أقرب وقت ممكن. وأخيرا، دراسة المعلمات البيولوجية الجزيئية والخلوية ذات الاهتمام بمقارنة خطوط الخلايا الأبوية مع الحيوانات المستنسخة، معربا عن TetR. حدد 'أفضل' استنساخ مع التعبير أعلى TetR أن لا يعرض أي تغييرات في المعلمات البيولوجية الجزيئية والخلوية في المصالح.
3. الاختبار التجريبي للpTER وPT-ريكس المتجهات DEST30 عبر عنجي shRNA أو cDNAs، على التوالي
- توليد pTER البلازميد مع تدرج shRNA كما هو موضح 12. بناء PT-ريكس DEST30 ناقلات (12301-016، إينفيتروجن) يحتوي على [كدنا] من الاهتمام باستخدام التكنولوجيا عبارة (إينفيتروجن). في حالة التعبير [كدنا]، وإضافة علامة إلى [كدنا] في وقت لاحق تسهيل الكشف عن البروتين المعبر عنه خارجيا.
- عابر بالنقل الخلية الهدف الوالدين تمشيا مع البلازميدات أو DEST30 pTER حزب العمال ريكس-(إما معربا عن shRNAs أو cDNAs من الفائدة) باستخدام كاشف ترنسفكأيشن في الاختيار. لاختبار التعبير البلازميدات shRNA، لا يمكن أن يتحقق ضمان الكفاءة ترنسفكأيشن عالية.
- تقاس الخلايا الحصاد وعملية immunoblotting باستخدام الأجسام المضادة المناسبة، متوقعا الكشف عن نضوب أو الجينات overexpression من اهتمامك.
4. جيل من خطوط الخلايا مستقرة مع محرض-التتراسيكلين (تيت-on) أو التعبير عن shRNAs cDNAs طريق pTER أو PT-ريكس المتجهات DEST30
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Representative Results
يتم عرض مثال لتوصيف الأولي للRPE-1 خطوط الخلايا معربا عن ثابت TetR في الشكل 4. علما أن جميع الحيوانات المستنسخة RPE-1 تعبر عن مستويات متفاوتة من TetR (قارن ممرات 2 و 5)، في حين أن خط الخلية الأبوية (التي هي بمثابة المراقبة السلبية) لا يعبر عن البروتين TetR الخارجية (الشكل 4، لين 1). هذا الاختلاف في التعبير بين TetR RPE-1-تيت على استنساخ الخلية هو متوقع، منذ التعبير عن TetR معربا عن البلازميدات تعتمد بشكل كبير على موقع التكامل البلازميد.
توصيف مستقرة RPE-1-تيت على استنساخ الخلايا معربا عن shRNAs الموجهة ضد كيناز MST3 تبين أن الحيوانات المستنسخة عدة لا بد من اختبار لتحديد خطوط الخلايا مع نضوب الأكثر فعالية من الجينات ذات الاهتمام (الشكل 5). في حالة توضيحية تم اختيار استنساخ الخلية (الشكل 5) # 1، # 2 و 3 # لمزيد من التحليل. الاختلاف الأولومن المتوقع ن كفاءة استنزاف، لأن التعبير التعبير shRNA تعتمد بشكل كبير على موقع التكامل البلازميد.
الشكل 1. وتظهر الاختلافات بين تيت حالا ونظم التعبير تيت على. تم تعديل (تيت) التتراسيكلين البروتين كاظمة (TetR) لبدء إما كتلة (1) من النسخ عن طريق الربط إلى تيت-المشغل (TO) في المروج المنطقة إضافة إلى التتراسيكلين (وهو ما يسمى تيت حالا النظام) أو (2) ربط إليها في حالة عدم وجود التتراسيكلين (وهو ما يسمى تيت على النظام).
الشكل 2. وصف خطوتين متتاليتين التلاعب اللازمة لتوليد تيت الإنسان على خطوط الخلايا مع التعبير محرض للshRNA أو [كدنا] من الفائدة. (مثل الاستجابة للجوع المصل، ومعدلات تكاثر الخلايا، أو التعبير عن البروتينات علامة)، يتم توسيع 'أفضل' TetR إيجابية استنساخ وتخزينها. الخطوة 2: توليد تيت على خطوط الخلايا مع shRNA محرض / التعبير [كدنا]. وتقاس على 'أفضل' TetR إيجابية الخلايا مع pTER 12 لshRNA التعبير أو مع PT-ريكس DEST30 (12301-016، إينفيتروجن) للتعبير [كدنا]، ويتم اختيار انفجار / Zeocin أو استنساخ Blast/G418 مقاومة، على التوالي. يتم اختيار عدة استنساخ الخلايا الفردية، وسعت وفحص من قبل لimmunoblotting التتراسيكلين، أو محرض ضربة قاضية التعبير عن الجينات في المصالح. وأخيرا، استنساخ من الفائدةيتم توسيع وإعادة اختبارها وتخزينها.
الشكل 3. جيل من ناقلات pcDNA6_TetR_IRES_blast. تم هضمها ولدت حديثا pMigR1_TetR البلازميد مع I Xba وأنا راس، وصدر جزء 1.25kb يحتوي على TetR وIRES (الداخلية دخول موقع الريبوسوم) تم استنساخ تسلسل في عرض I Xba وراس الأول من المواقع pcDNA6/TR (V1025-20، إينفيتروجن). الناقل pcDNA_TetR_IRES_blast الناتجة يعبر عن TetR والجينات المقاومة Blasticidin (BlastR) باستخدام نفس المروج CMV، وبالتالي ضمان أن جميع الخلايا Blasticidin مقاومة صريحة أيضا TetR.
الشكل 4. تحليل RPE-1 استنساخ الخلايا ستابلي مع pcDNA / TetR_IRES_blast.وتمت مقارنة RPE-1 الأبوية الخلايا إلى خلايا-1 RPE التعبير عن ثابت عن طريق TetR immunoblotting استخدام الألغام المضادة للTetR (اللوحة العلوية) والمضادة للتويولين ألفا الأجسام المضادة (لوحة أسفل).
الشكل 5. وتم تحليل استنساخ RPE-1-TetR إيجابية ستابلي مع pTER_shMST3 لتحديد الخلايا مع التتراسيكلين-محرض التعبير عن استهداف shRNAs MST3، نمت الحيوانات المستنسخة في غياب (-) أو وجود (+) من التتراسيكلين (تيت) لمدة 72 ساعة، قبل المعالجة لimmunoblotting باستخدام الأجسام المضادة المقاومة للMST3 (اللوحة العلوية) والمضادة للتويولين ألفا-(اللوحة السفلية).
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Discussion
نعتقد أن على أنظمة تيت يسهل إلى حد كبير في تحليل وظائف الجينات، ولا سيما في نظم الخلايا التي يصعب التلاعب و / أو عندما يكون الجين التلاعب أمر ضروري لبقاء الخلية. وعلاوة على ذلك، فإن القدرة على التحكم في التعبير الجيني من قبل أنظمة تيت على محددة للغاية يتيح الفرصة لدراسة وظائف الجينات في مراحل مختلفة (على سبيل المثال أثناء تقدم دورة الخلية أو عمليات التمايز واضحة المعالم). إن أسلوب المقدمة هنا تمكين الباحثين من توليد المطلوب مستقرة تيت على خطوط الخلايا في غضون فترة زمنية معقولة (عادة 3-6 أشهر، وهذا يتوقف إلى حد كبير على مدى التنميط البيولوجي الجزيئي والخلوي ما هو ضروري لتوصيف إيجابية TetR خطوط الخلايا). الجيل الناجحة وتطبيق تيت على خطوط الخلايا، ومع ذلك، يعتمد بشكل حاسم على عدة عوامل.
أولا، تحديد الخلايا مع التعبير عالية بما فيه الكفاية من TetRمطلوب لضمان القمع الصارمة من النسخ في غياب التتراسيكلين. بنفس القدر من الأهمية، يجب توصيف الأولي للخلايا المستهدفة التعبير عن كل ما يمكن من تغطية TetR المعلمات البيولوجية الجزيئية والخلوية التي سيتم دراستها على المدى الطويل. في تجربتنا، جيدا يتميز خط خلية TetR إيجابية هي نقطة انطلاق جيدة جدا للمشاريع البحثية العديدة.
الثانية، فمن الضروري للحفاظ على تركيز التتراسيكلين عند أدنى مستوى ممكن لمنع الآثار عديد المظاهر ممكن عند اختبار وتحليل تيت على استنساخ لshRNA / التعبير [كدنا]. إذا كان ذلك ممكنا، ينبغي أن لا يكون تركيز التتراسيكلين أعلى من 2 ميكروغرام / مل (أقل من 2 تفضيلي ميكروغرام / مل). وعلاوة على ذلك، منذ التتراسيكلين لديه نصف عمر حوالي 24 ساعة في الخلية الأنسجة ثقافة المتوسط، والتجارب التي تستمر عدة أيام أن تنظر جولات إضافية من إضافة التتراسيكلين. الدوكسيسيكلين، بديلا الاصطناعية التتراسيكلين، ويمكن أيضا أخذها في الاعتبار عند مستويات السامة للخلايا من التتراسيكلين تثير القلق.
الثالث، ينبغي تطبيق اختبارات مختلفة للتعبير [كدنا] وshRNA. بينما تيت على الخلايا معربا عن cDNAs سوف تنتج كميات بسهولة يمكن كشفها لالبروتينات في غضون 24 ساعة، ويمكن للنضوب عوامل داخلية من قبل shRNA بوساطة ضربة قاضية وقتا أطول. عموما، نوصي لاختبار التعبير عن استنساخ shRNAs فقط 96 ساعة بعد إضافة التتراسيكلين، والتي سوف تؤدي إلى انخفاض مستويات الجين اهتمامك حتى لو كان نصف العمر للهدف الخاص بك هو 24 ساعة. المثال المعروض في الشكل 5 يمثل "المثالي" نتيجة فحص shRNA بوساطة استنزاف، ويمكن أن يتطلب تعديلات على بروتوكول الاختبار لتحديد طرق المثلى شروطا. وأخيرا وليس آخرا، نود أن نؤكد على حقيقة أن أدوات الفحص راسخة (QRT-PCR تحقيقات، والأجسام المضادة) سيسهل كثيرا من الحيوانات المستنسخة تحديد صومعتك المطلوب. </ P>
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Disclosures
الإعلان عن أي تضارب في المصالح.
Acknowledgments
نشكر جميع أعضاء مختبرنا لإجراء مناقشات مفيدة. نشكر جوانا Lisztwan وGewinner كريستينا لقراءة نقدية للمخطوطة. وأيد هذا العمل من قبل BB/I021248/1 منحة BBSRC ويلكوم ترست منحة 090090/Z/09/ZAH هو البحث يلكوم ترست الوظيفي زميل التنمية في معهد السرطان UCL.
Materials
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Fetal Bovine Serum(FBS) | Invitrogen | 16000-044 | Tested Tet-free |
Blasticidin | Invivogen | ant-bl-1 | |
Zeocin | Invivogen | ant-zn-5 | |
G418 | PAA laboratories | P31-011 | 100 mg/ml in media |
anti-TET02 | MoBiTec GmbH | TET02 | Use at 1/1000 to 1/2000 for WB |
pcDNA6/TR | Invitrogen | V1025-20 | |
pT-Rex DEST30 | Invitrogen | 12301-016 | |
Tetracycline | Sigma | 87128 | 2 mg/ml in ethanol |
Doxycycline | Sigma | D9891 | 2 mg/ml in water |
Cloning cylinders | Bellco Glass Inc. | 2090-00808 | re-useable |
References
- Postle, K., Nguyen, T. T., Bertrand, K. P. Nucleotide sequence of the repressor gene of the TN10 tetracycline resistance determinant. Nucleic Acids Res. 12, 4849-4863 (1984).
- Gossen, M., Bujard, H. Tight control of gene expression in mammalian cells by tetracycline-responsive promoters. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89, 5547-5551 (1992).
- Gossen, M., et al. Transcriptional activation by tetracyclines in mammalian cells. Science. 268, 1766-1769 (1995).
- Elbashir, S. M., et al. Duplexes of 21-nucleotide RNAs mediate RNA interference in cultured mammalian cells. Nature. 411, 494-498 (2001).
- Brummelkamp, T. R., Bernards, R., Agami, R. A system for stable expression of short interfering RNAs in mammalian cells. Science. 296, 550-553 (2002).
- McManus, M. T., Petersen, C. P., Haines, B. B., Chen, J., Sharp, P. A. Gene silencing using micro-RNA designed hairpins. RNA. 8, 842-850 (2002).
- Miyagishi, M., Taira, K. U6 promoter-driven siRNAs with four uridine 3' overhangs efficiently suppress targeted gene expression in mammalian cells. Nat. Biotechnol. 20, 497-500 (2002).
- Paddison, P. J., Caudy, A. A., Bernstein, E., Hannon, G. J., Conklin, D. S. Short hairpin RNAs (shRNAs) induce sequence-specific silencing in mammalian cells. Genes Dev. 16, 948-958 (2002).
- Paul, C. P., Good, P. D., Winer, I., Engelke, D. R. Effective expression of small interfering RNA in human cells. Nat. Biotechnol. 20, 505-508 (2002).
- Sui, G., et al. A DNA vector-based RNAi technology to suppress gene expression in mammalian cells. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99, 5515-5520 (2002).
- Yu, J. Y., DeRuiter, S. L., Turner, D. L. RNA interference by expression of short-interfering RNAs and hairpin RNAs in mammalian cells. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99, 6047-6052 (2002).
- van de Wetering, M., et al. Specific inhibition of gene expression using a stably integrated, inducible small-interfering-RNA vector. EMBO Rep. 4, 609-615 (2003).
- Hergovich, A., et al. The MST1 and hMOB1 tumor suppressors control human centrosome duplication by regulating NDR kinase phosphorylation. Curr. Biol. 19, 1692-1702 (2009).
- Hergovich, A., Lamla, S., Nigg, E. A., Hemmings, B. A. Centrosome-associated NDR kinase regulates centrosome duplication. Mol. Cell. 25, 625-634 (2007).
- Kohler, R. S., Schmitz, D., Cornils, H., Hemmings, B. A., Hergovich, A. Differential NDR/LATS interactions with the human MOB family reveal a negative role for human MOB2 in the regulation of human NDR kinases. Mol. Cell Biol. 30, 4507-4520 (2010).
- Vichalkovski, A., et al. NDR kinase is activated by RASSF1A/MST1 in response to Fas receptor stimulation and promotes apoptosis. Curr. Biol. 18, 1889-1895 (2008).
- Pear, W. S., et al. Efficient and rapid induction of a chronic myelogenous leukemia-like myeloproliferative disease in mice receiving P210 bcr/abl-transduced bone marrow. Blood. 92, 3780-3792 (1998).