Многофотонная микроскопия позволяет управлять фотонами малых энергий с глубоким проникновением оптических и снижения фототоксичности. Мы описываем использование этой технологии для живых маркировки ячейку в данио эмбрионов. Этот протокол можно легко адаптировать для фото-индукции различных световых проблематику молекул.