Her presenterer vi en kombinatorisk tilnærming for klassifisering av nevrale celletyper før isolasjon og for den etterfølgende karakterisering av enkeltcelletransskriptomer. Denne protokollen optimaliserer utarbeidelsen av prøver for vellykket RNA-sekvensering (RNA-Seq) og beskriver en metodikk som er spesielt utviklet for å forbedre forståelsen av cellulært mangfold.