A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.
Chapters
- 00:04Introduction
- 01:01Environment Setup and RiboCode Installation
- 01:23Data Preparation
- 03:35Removing Ribosomal RNA Contamination
- 03:59Aligning the Clean Reads to the Genome
- 04:25Size Selection of Ribosome Protected Fragments, Identification of P-Sites, and De novo Annotate Translating Open Reading Frames
- 04:59Results: Identification of the Novel Open Reding Frames (ORFs) with the Application of RiboCode
- 07:20Conclusion
Oversettelse av ribosomer dekoder tre nukleotider per codon til peptider. Deres bevegelse langs mRNA, fanget av ribosomprofilering, produserer fotavtrykkene som viser karakteristisk trilling periodicitet. Denne protokollen beskriver hvordan du bruker RiboCode til å dechiffrere denne fremtredende funksjonen fra ribosomeprofileringsdata for å identifisere aktivt oversatte åpne leserammer på hele transkripsjonsnivå.
