A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.
Chapters
- 00:04Introduction
- 01:01Environment Setup and RiboCode Installation
- 01:23Data Preparation
- 03:35Removing Ribosomal RNA Contamination
- 03:59Aligning the Clean Reads to the Genome
- 04:25Size Selection of Ribosome Protected Fragments, Identification of P-Sites, and De novo Annotate Translating Open Reading Frames
- 04:59Results: Identification of the Novel Open Reding Frames (ORFs) with the Application of RiboCode
- 07:20Conclusion
Перевод рибосом декодирует три нуклеотида на кодон в пептиды. Их движение вдоль мРНК, захваченное профилированием рибосом, производит следы, проявляющие характерную триплетную периодичность. Этот протокол описывает, как использовать RiboCode для расшифровки этой важной функции из данных профилирования рибосом для идентификации активно транслируемых открытых кадров чтения на уровне всего транскриптома.
