<em>De novo</em> Identification of Actively Translated Open Reading Frames with Ribosome Profiling Data

Yanan Zhu; Fajin Li; Xuerui Yang; Zhengtao Xiao

doi:10.3791/63366

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De novo Identificación de marcos de lectura abiertos traducidos activamente con datos de perfil de ribosomas

<em>De novo</em> Identification of Actively Translated Open Reading Frames with Ribosome Profiling Data

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De novo Identification of Actively Translated Open Reading Frames with Ribosome Profiling Data

De novo Identificación de marcos de lectura abiertos traducidos activamente con datos de perfil de ribosomas

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08:23 min

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February 18, 2022

DOI:

10.3791/63366-v

DOI:

10.3791/63366-v

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08:23 min

February 18, 2022

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Yanan Zhu*¹, Fajin Li*^2,3, Xuerui Yang^2,3, Zhengtao Xiao¹

¹School of Basic Medical Sciences,Xi’an Jiaotong University Health Science Center ²MOE Key Laboratory of Bioinformatics, Center for Synthetic and Systems Biology, School of Life Sciences,Tsinghua University ³Joint Graduate Program of Peking-Tsinghua-National Institute of Biological Science

Summary

La traducción de ribosomas decodifica tres nucleótidos por codón en péptidos. Su movimiento a lo largo del ARNm, capturado por el perfil de ribosomas, produce las huellas que exhiben una periodicidad de triplete característica. Este protocolo describe cómo usar RiboCode para descifrar esta característica prominente a partir de los datos de perfiles de ribosomas para identificar marcos de lectura abiertos traducidos activamente a nivel de transcriptoma completo.